ระบบรัฐบาลของมาเลเซียมีทั้งรัฐบาลกลางหรือสหพันธ์ (Federal Government) และรัฐบาลแห่งรัฐ (State Government) แต่ละรัฐมีสุลต่านปกครอง และสุลต่านร่วมกันเลือกสมเด็จพระราชาธิบดี หรือ ยังดี เปอร์ตวน อากง (Yang di-pertuan Agong) เป็นกษัตริย์ปกครองประเทศ โดยมีการผลัดเปลี่ยนหมุนเวียนกันระหว่างสุลต่านทั้ง 9 รัฐ เพื่อเป็นประมุของค์ละ 5 ปี ปัจจุบันสมเด็จพระราชาธิบดีแห่งมาเลเซียคือ Sultan Mizan Zainal Abidin ibni Al-Marhum จากรัฐตรังกานู (ดำรงตำแหน่งตั้งแต่ 13 ธันวาคม2549)
การปกครองเป็นแบบรัฐสภา (Parliament System) ประกอบด้วยสภาผู้แทนราษฎร (House of Representative) ที่สมาชิกมาจากการเลือกตั้ง และวุฒิสภา (Senate) ที่สมาชิกมาจากการแต่งตั้ง อำนาจทางการเมืองขึ้นอยู่กับสภาผู้แทนราษฎร
โครงสร้างการปกครองของมาเลเซียแบ่งเป็น 3 ฝ่าย ได้แก่
1.ฝ่ายนิติบัญญัติ
ประกอบด้วย 2 สภาคือ วุฒิสภา หรือสภาสูง (Senate หรือ Dewan Negara) จำนวน 70 ที่นั่ง มาจาก 2 ส่วนคือ ส่วนแรก มาจากการแต่งตั้งโดยนายกรัฐมนตรี จำนวน 44 ที่นั่ง และส่วนที่สอง อีก 26 ที่นั่ง มาจากการเลือกโดยสภานิติบัญญัติของทั้ง 13 รัฐ (State Legislatures) จำนวน รัฐละ 2 คน มีวาระ 6 ปี สำหรับสภาผู้แทนราษฎร (House of Representative หรือ Dewan Rakyat) มาจากการเลือกตั้งเขตละ 1 คน รวม 219 คน มีหน้าที่พิจารณาร่างกฎหมายที่รัฐบาลหรือวุฒิสภาเป็น ผู้เสนอ ระยะเวลาการดำรงตำแหน่ง 5 ปี (การเลือกตั้งครั้งล่าสุดเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 21 มีนาคม 2547) สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรในปัจจุบันแบ่งออกได้ ดังนี้
– พรรคร่วมรัฐบาล (Barisan Nasional : BN) ประกอบด้วยสมาชิก สภาผู้แทนราษฎรจำนวน 199 คน (ร้อยละ 91ของจำนวนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร) ประกอบด้วยสมาชิกจากพรรคการเมืองต่างๆ ทั้งสิ้น 14 พรรค รวมตัวกันเป็นรัฐบาล พรรคการเมืองใหญ่ที่สำคัญ เช่น United Malays National Organization (UMNO) จำนวน 110 คน, Malaysian Chinese Association (MCA) จำนวน 31 คน, Parti Pesaka Bumiputra Bersatu (PBB) จำนวน 11 คน, Gerakan Rakyat Malaysia Party (PGRM) จำนวน10 คน และ Malaysian India Congress (MIC) จำนวน 9 คน และพรรคอื่นๆ อีก 28 คน เป็นต้น
– พรรคฝ่ายค้าน ประกอบด้วยสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจำนวน 20 คน จากพรรคการเมือง 4 พรรค คือ Democratic Action Party (DAP) จำนวน 12 คน, Parti Islam Se-Malaysia (PAS) จำนวน 6 คน, Keadilan จำนวน 1 คน และ Bebas จำนวน 1 คน
2.ฝ่ายบริหาร
ประกอบด้วย 2 ส่วนคือ นายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรี
– นายกรัฐมนตรี (Prime Minister) เป็นผู้นำสูงสุดของฝ่ายบริหารตามระบบรัฐสภา นายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าพรรคการเมือง ที่สมาชิกได้รับเลือกเข้ามาในสภามากสุด หรืออาจเป็นหัวหน้าพรรคที่เป็นแกนนำ ในสภาผู้แทนราษฎร โดยประมุขของประเทศจะเป็นผู้แต่งตั้ง นายกรัฐมนตรีคนปัจจุบันคือ Abdullah Bin Ahmad Badawi ดำรงตำแหน่งในวันที่ 31 ตุลาคม 2546 รองนายกรัฐมนตรีคือ Mohamed Najib Bin Abdul Razak ดำรงตำแหน่งในวันที่ 7 มกราคม 2547
– คณะรัฐมนตรี (Cabinet) เป็นกลุ่มผู้กำหนดนโยบายอันมีนายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้า นายกรัฐมนตรีจะเลือกสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรเข้ามาดำรงตำแหน่งในกระทรวงต่างๆ
3. ฝ่ายตุลาการ
อำนาจตุลาการใช้ระบบกฎหมายของอังกฤษคือ Common Law ยกเว้นศาสนาอิสลามอยู่ภายใต้ระบบสหพันธ์ ทำให้อำนาจตุลาการมีความอิสระมาก เพราะไม่ถูกควบคุมโดยฝ่ายบริหารและนิติบัญญัติ
