ชาวเกาะฟิลิปปินส์ ปัจจุบันมีรูปร่างหน้าตาคล้ายพวกมองโกล ผสมผสาน มีผิวสีน้ำตาล แต่บางพวกก็มีผิวค่อนข้างขาว การที่ชาวฟิลิปปินส์มีลักษณะที่แตกต่างกันนี้เป็นผล สืบเนื่องมาจากความซับซ้อนของเผ่าพันธุ์ อันเกิดจากการผสมผสาน ระหว่างเชื้อชาติต่าง ๆ คือ
ชนเผ่าดั้งเดิม ตามตำนานของฟิลิปปินส์ กล่าวว่าประชาชนของตนเกิดมาจากปล้องไม้ไผ่ แต่ผู้เชี่ยวชาญทางโบราณคดียืนยันว่า มีมนุษย์ดึกดำบรรพ์อย่างเช่น มนุษย์ชวา (Java man) อาศัยอยู่ตามหมู่เกาะฟิลิปปินส์มาตั้งแต่สมัยน้ำแข็ง (Ice Age) มีลักษณะสมองเล็ก หน้าผากแคบลาดต่ำ มีความสูงประมาณ ๔ – ๕ ฟุต ผิวเนื้อดำแดง ผมหยิก ซึ่งเรียกกันว่า คนแคระ (Pigmy) ซึ่งปัจจุบันเกือบจะสูญพันธุ์หมดแล้ว คนพวกนี้คือ บรรพบุรุษของชาวอีต้าส์ (Aetas)
เผ่าอินโดเนเซีย ระหว่าง ๕,๐๐๐ – ๖,๐๐๐ ปี มาแล้ว เมื่อยุคน้ำแข็งปกคลุมโลก เริ่มละลายแผ่นดินที่เชื่อมหมู่เกาะฟิลิปปินส์ และทวีปเอเชีย จมหายไปในทะเล ในยุคนี้มีชาวอินโดเนเซีย จากเอเซียอาคเนย์ เดินทางเข้าไปยังหมู่เกาะฟิลิปปินส์โดยทางเรือ พวกนี้รูปร่างค่อนข้างสูง ผิวไม่ดำนัก และริมฝีปากบาง รู้จักการใช้หินขัดทำขวาน สิ่ว และเครื่องมือที่ทำด้วยไม้ นักมานุษยวิทยาได้จัดแบ่งคนกลุ่มนี้ไว้ ในกลุ่มชาวอินโดเนเซีย เอ (A) และผู้ที่สืบทอดจากชนกลุ่มนี้ ได้กลายมาเป็นประชากรฟิลิปปินส์ในปัจจุบัน ซึ่งมีอยู่ประมาณร้อยละ ๑๒ ของจำนวนประชากรทั้งหมด
ในช่วงระยะเวลา ๑,๕๐๐ – ๑,๓๐๐ ปีก่อนคริสกาล มีชาวผิวดำ จมูกโตแบน จากอินโดเนเซีย และภาคใต้ของจีน เดินทางมาอยู่ในฟิลิปปินส์ ต่อมาชนกลุ่มนี้ก็กลายเป็นชนพื้นเมืองฟิลิปปินส์ ซึ่งมีอยู่ประมาณร้อยละ ๑๘ ของจำนวนประชากรทั้งหมด ชนกลุ่มนี้รู้จักการสร้างบ้าน หลัวคาทรงปิรามิด การทำนา บนที่ดอน และการคิดทำเครื่องมือช่วยในการทำนา ซึ่งทำด้วยหินชนิดแข็ง นักมานุษยวิทยาได้จัดคนพวกนี้เข้ากลุ่ม ชาวอินโดนีเซีย บี (B)
ต่อมาประมาณ ๘๐๐ ปีก่อนคริสตกาล มีประชากรที่มีวัฒนธรรมสูง รู้จักใช้โลหะบรอนซ์ – ทองแดง (Bronze – Copper Culture) ได้นำเอาความรู้เรื่องการชลประทาน เพื่อการปลูกข้าวมาเผยแพร่ในหมู่เกาะฟิลิปปินส์ด้วย ในปัจจุบัน คนที่สืบเชื้อสายมาจากคนกลุ่มนี้ มีอยู่ประมาณร้อยละ ๓ ของประชากรทั้งหมด คนกลุ่มนี้ถูกจัดไว้ในกลุ่มชาวอินโดนีเซียบี (B)
ชาวมาเลย์ มีลักษณะแบบชาวมองโกลอยด์ คือมีความสูงปานกลาง ค่อนข้างผอม แต่แข็งแรง จมูกแบน ผมดำตาสีน้ำตาล ผิวสีน้ำตาล ได้เดินทางมาอยู่ในหมู่เกาะฟิลิปปินส์ หลังพวกอินโดนีเซีย ชาวมาเลย์ได้พากันอพยพเข้ามาอยู่ในหมู่เกาะฟิลิปปินส์สามครั้งด้วยกันคือ
ครั้งแรก เข้าไปเมื่อประมาณ ๓๐๐ – ๒๐๐ ปีก่อนคริสตศักราช โดยเดินทางมาในเรือลำเล็ก มาขึ้นที่เกาะลูซอน และเกาะมินดาเนา คนกลุ่มนี้รู้จักการทำชลประทานเพื่อการปลูกข้าว ประเพณีของชนกลุ่มนี้คือการล่าหัวมนุษย์ ชาวฟิลิปปินส์ปัจจุบันสืบเชื้อสายมาจากคนกลุ่มนี้ สันนิษฐานว่าคือชาวอีฟูเกา (Ifugaos) ซึ่งอยู่ตามบริเวณเทือกเขาของภาคเหนือของเกาะลูซอน
ครั้งที่สอง เข้ามาประมาณคริสตศตวรรษที่ ๑ ติดต่อเรื่อยมาจนถึงศตวรรษที่ ๙ ซึ่งในขณะนั้นพ่อค้าชาวอาหรับและชาวจีน ทำการค้าขายอยู่ในเอเซียอาคเนย์ อย่างกว้างขวาง มีเส้นทางการค้าที่เชื่อมระหว่างจีน ไต้หวัน ฟิลิปปินส์ บอร์เนียว และมะลักกา ชาวมาเลย์ที่อพยพเข้ามาอยู่ในฟิลิปปินส์ครั้งที่สอง นี้มีวัฒนธรรมสูงมาก แข่งกับกลุ่มชาวจีน คือมีภาษาเขียนแบบของตนเอง ผู้ที่สืบเชื้อสายมาจากกลุ่มนี้ได้กลายมาเป็นประชากรส่วนใหญ่ของฟิลิปปินส์ในปัจจุบันซึ่งรวมถึงชาวตากาลอก (Tagalogs) อิโลคาโน (Ilocanos) บิคอลส์ (Bikols) วิสายัน (Visayans) และปามปันกา (Pampangans) อยู่ด้วย
ครั้งที่สาม เข้ามาระหว่างปี พ.ศ.๑๘๙๓ – ๑๙๙๓ คนมาเลย์ที่อพยพเข้ามากลุ่มนี้นับถือศาสนาอิสลาม เป็นต้นตระกูล ของชาวฟิลิปปินส์ที่นับถือศาสนาอิสลามในปัจจุบัน อย่างไรก็ดี ชาวมาเลย์กลุ่มนี้ไม่ได้นับถือศาสนาอิสลามมาก่อน แต่ที่มานับถือ เนื่องมาจากราชามากินดา (Rajah Baguinda) ของซูลู และชาริฟมูฮัมเหม็ด กาบัง สุโรน (Sharit Muhammed Kabangsuroan) มาจากยะโฮร์ (Jahore) และต่อมาเป็นสุลต่านคนแรกของเกาะมินดาเนา นำเอาศาสนาอิสลามมาเผยแพร่ ในขณะที่พวกที่สืบเชื้อสายมาจากชาวมาเลย์ที่เข้ามาครั้งที่สอง หันไปนับถือศาสนาคริสต์ และใช้วัฒนธรรมแบบตะวันตก ซึ่งพวกสเปนนำไปเผยแพร่
ชาวจีน ตามหลักฐานทางประวัติศาสตร์ ชาวจีนเริ่มเข้าไปตั้งถิ่นฐานในหมู่เกาะตั้งแต่คริสตศตวรรษที่ ๑๑ โดยเริ่มจากการไปติดต่อค้าขายกับชาวหมู่เกาะ และได้อพยพไปตั้งบ้านเรือนและกลายเป็นชาวเกาะไป
ประเทศไทยในสมัยสุโขทัยก็เคยติดต่อค้าขายกับหมู่เกาะฟิลิปปินส์ หลักฐานที่พบคือได้มีผู้ขุดพบเครื่องสังคโลก ในหมู่เกาะเชาตาควน (Chao Ta-kuan)
นักเดินทางชาวจีนในคริสตศตวรรษที่ ๑๐ ได้บันทึกไว้ว่า พ่อค้าชาวต่างประเทศได้นำเครื่องลายคราม ทองคำ แจกัน ทำด้วยเหล็ก เครื่องแก้ว ไข่มุก ผ้าไหม เป็นต้น ไปขายให้หมู่เกาะ และชาวเกาะได้ส่งฝ้าย และสิ่งของที่ทำด้วยปอมนิลา และมะพร้าว เป็นต้น ออกไปขายในต่างประเทศเพื่อเป็นการแลกเปลี่ยนกัน
ชาวสเปน สเปนสนใจหมู่เกาะฟิลิปปินส์ตั้งแต่เฟอร์ดินานด์ แมกเจลแลน (Ferdinana Magellan) ได้เดินเรือมาถึงเกาะเซบู (Cebu) เพื่อแสวงหาเครื่องเทศ ชาวสเปนที่ติดตามมา เรียกหมู่เกาะฟิลิปปินส์ว่า หมู่เกาะตะวันตก (Western Island) แมกเจลแลนได้เปลี่ยนชื่อหมู่เกาะเป็นชื่อ เซนต์ ลาซารัส (Saint Lazarus) แมกเจลแลนถูกฆ่าตายในการรบ ระหว่างชาวเกาะผู้ติดตามมาในขบวนเรือของเขา ได้คุมเรือกลับไปถึงสเปน เมื่อปี ค.ศ.๑๕๒๒ ชาวสเปนจึงได้ทราบเรื่องราวเกี่ยวกับหมู่เกาะนี้
ต่อมาในปี พ.ศ.๑๕๔๓ ชาวสเปน คนหนึ่งได้ให้ชื่อหมู่เกาะเสียใหม่ว่า เฟลิปปินา (Felipina) ต่อมาเปลี่ยนเป็น Philippine เพื่อเฉลิมพระเกียรติแก่เจ้าชายฟิลิป รัชทายาทแห่งสเปญ
ชาวปอร์ตุเกส อ้างว่าหมู่เกาะฟิลิปปนส์เป็นของตน แต่สเปญไม่ยอม ในที่สุดเมื่อปี ค.ศ.๑๕๒๙ ทั้งสองประเทศได้ลงนามในสนธิสัญญาชื่อเซรากอสชา (Seragossa) โดยมีสาระสำคัญคือ
– สเปญยอมสละข้อเรียกร้องของตน เกี่ยวกับเกาะโมลัคคัส (Moluccas) และได้รับเงินจำนวน ๓๕๐,๐๐๐ ดูคัท (Ducat ) เป็นการตอบแทน
– เส้นแบ่งเขตโลกตะวันออก ได้ขยายออกไปทางทิศตะวันออกของเกาะโมลัคคัส เป็นระยะ ๒๙๗ ๑/๒ ลีค (Leagues – ประมาณ ๙๐๐ ไมล์)
ต่อมาเจ้าชายฟิลิป ได้ครองสเปญ เมื่อ ค.ศ.๑๕๕๖ พระองค์สนพระทัย จะได้หมู่เกาะฟิลิปปินส์มาเป็นอาณานิคม จึงให้อุปราชสเปญประจำเมกซิโก เตรียมการจะยกทัพเรือไปยึดหมู่เกาะฟิลิปปินส์ ต่อมาเมื่อปี ค.ศ.๑๕๖๔ ได้มีผู้คุมกองเรือสเปญมุ่งไปยังหมู่เกาะฟิลิปปินส์ ขบวนเรือแล่นได้ถึงเกาะเซบู ปรากฎว่าชาวเมืองแสดงตนไม่เป็นมิตรต่อสเปญ ชาวปอตุเกสก็คอยรบกวนสเปญอยู่เสมอ
ต่อมาในปี ค.ศ.๑๕๗๐ กองเรือสเปญดังกล่าวได้เข้าตีเมืองมนิลา ซึ่งเป็นเมืองใหญ่ของพวกโมโร (Moro) อยู่ในเกาะลูซอน อยู่ในการปกครองของ ราชา โซลิมัน (Rajah Soliman) เมื่อตีได้เมืองมนิลาแล้วก็ได้ประกาศตั้งเมืองมนิลาเป็นเมืองหลวงของหมู่เกาะฟิลิปปินส์ เมื่อปี ค.ศ.๑๕๗๑ (พ.ศ.๒๑๑๔) หมู่เกาะฟิลิปปินส์ จึงตกเป็นของสเปญตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา แต่ปรากฎว่าหมู่เกาะฟิลิปปินส์ไม่อุดมด้วยเครื่องเทศ รัฐบาลสเปญได้ส่งเสริมให้เผยแพร่คริสศาสนานิกายโรมันคาธอลิค คริสตศาสนานิกายนี้จึงได้แพร่หลายอย่างรวดเร็ว โดยเฉพาะอย่างยิ่งในภาคเหนือของหมู่เกาะ เนื่องจากศาสนาอิสลาม มีผู้นับถืออยู่มากในภาคใต้ของหมู่เกาะ
สเปญได้ตั้งผู้สำเร็จราชการมาประจำหมู่เกาะ ภายหลังงปี ค.ศ.๑๕๘๑ สันตปาปาได้ตั้งมนิลาเป็นศูนย์กลางของคณะบาดหลวง โดยตั้งอารต์ปิชอบ (Arch bishop) เป็นประมุข
ปอร์ตุเกส ได้พยายามขับไล่สเปญให้ออกไปจากฟิลิปปินส์ โดยในปี ค.ศ.๑๕๗๐ ได้ยกขบวนเรือเข้าไปในท่าเรือเมืองเซอูล และบังคับให้สเปญรื้อป้อมที่เมืองนั้น แต่ชาวสเปญสู้รบอย่างเข้มแข็ง ในที่สุดกองเรือปอร์ตุเกสต้องล่าถอยกลับไป
ฮอลันดา ฮอลันดาได้ไปตั้งมั่นอยู่ในชวา มีศูนย์กลางอยู่ที่เมืองปัตตาเวีย (Batavia) ได้ตั้งบริษัทอินเดียตะวันออกขึ้น และบริษัทนี้ ได้ขยายตังออกไปปกครองหมู่เกาะใกล้เคียง ในระยะ ๕๐ ปีแรกของคริสตศตวรรษที่ ๑๗ ฮอลันดาได้ปะทะกับสเปญหลายครั้ง และเมื่อปี ค.ศ.๑๖๔๗ ได้ปะทะกันที่แหลมบาแทน (Bataan) ใกล้มนิลา ปรากฎว่า ฮอลันดาพ่ายแพ้ยับเยินไม่กล้าไปรบกวนสเปญ ในหมู่เกาะฟิลิปปินส์อีกต่อไป
อังกฤษ สเปญปกครองหมู่เกาะฟิลิปปินส์อย่างกดขี่ชาวพื้นเมือง ชาวพื้นเมืองที่ต้องการหลบอำนาจของสเปญ ก็มักจะไปเข้ารีตนับถือศาสนาคริสต์ เพื่อขอความคุ้มครองจากบาดหลวง ประชาชนต้องจ่ายค่าส่วยสาอากร และถูกเกณฑ์แรงงาน จึงได้ก่อการกบฎต่อสเปญหลายครั้ง เช่นในคริสตศตวรรษที่ ๑๗ มีถึง ๑๓ ครั้ง แต่สเปญสามารถปราบปรามได้
ในตอนปลายสงครามเจ็ดปี (ค.ศ.๑๗๕๖ – ๑๗๖๓) กองทัพเรืออังกฤษได้เข้าโจมตีหมู่เกาะฟิลิปปินส์ และยกพลขึ้นบกที่เมืองมนิลา และยึดเมืองไว้ได้ แล้วกระจายกำลังไปยึดครองภาคอื่น ๆ ของหมู่เกาะ อังกฤษยึดครองหมู่เกาะฟิลิปปินส์อยู่สองปี ก็ยุติลงด้วยสนธิสัญญาปารีส (ค.ศ.๑๗๖๓) อังกฤษถอนตัวออก เมื่อปี ค.ศ.๑๗๖๔ สเปญก็กลับเข้าปกครองหมู่เกาะตามเดิม
สหรัฐอเมริกา ในปี ค.ศ.๑๘๙๕ ได้เกิดกบฎในคิวบา ที่สเปญปกครองอยู่ สหรัฐเข้าข้างพวกกบฎ สเปญได้ตัดความสัมพันธ์ทางการทูตกับสหรัฐเมื่อปี ค.ศ.๑๘๙๘ กองเรือสหรัฐอเมริกาประจำน่านน้ำตะวันออก ได้นำกำลังไปยังน่านน้ำมนิลา เกิดการปะทะกับกองเรือสเปญ ผลจากการปะทะกัน สเปญยอมแพ้สหรัฐ ฯ ทั้งในฟิลิปปินส์และในคิวบา ยอมสงบศึกโดยทำสนธิสัญญาปารีส ๑๘๙๘ (Paris threaty ๑๘๙๘) ว่าสเปญมอบอิสระภาพให้คิวบา ให้คิวบาเป็นประเทศอิสระ ภายใต้การคุ้มครองของสหรัฐ ฯ มีฐานะเป็นรัฐลูกค้า (Client State) และสเปญโอน เปอร์โต ริโก (Puerto Rico) กับฟิลิปปินส์ให้สหรัฐ ฯ ส่วนสหรัฐ ฯ ยอมจ่ายเงิน ๒๐ ล้านดอลลาร์สหรัฐ ฯ ให้แก่สเปญ
ในการปกครองหมู่เกาะฟิลิปปินส์ สหรัฐอเมริกาได้ดำเนินการเพื่อให้หมู่เกาะได้เอกราชในที่สุด ต่อมาในปี ค.ศ.๑๙๑๖ ได้ประกาศรัฐบัญญัติชื่อว่า Jones Act โดยมีความมุ่งหมายที่จะเพิกถอนอำนาจอธิปไตยของตน ออกจากหมู่เกาะฟิลิปปินส์ ต่อมาในปี ค.ศ.๑๙๓๔ ได้มีการตรารัฐบัญญัติกำหนดระยะเวลาที่จะให้เอกราชกับหมู่เกาะ
ในปี ค.ศ.๑๙๓๕ ฟิลิปปินส์ได้ตรารัฐธรรมนูญขึ้น ตั้งหมู่เกาะฟิลิปปินส์เป็นวงไพบูลย์ร่วมกัน (Common Wealth) มีประธานาธิบดีเป็นประมุข แต่ยังคงปกครองภายใต้การควบคุมของข้าหลวงใหญ่สหรัฐ ฯ