ระหว่างปี พ.ศ.๖๔๓ - ๗๔๓ พุทธศาสนาฝ่ายมหายาน และฝ่ายเถรวาท จากอินเดียได้เริ่มเผยแผ่เข้ามาในอินโดนิเซีย ในระยะแรก ๆ ยังไม่ได้รับความนิยมมากนัก จนมาถึงสมัยอาณาจักรศรีวิชัย พุทธศาสนาจึงได้รุ่งเรืองมากขึ้น ในปี พศ.๑๒๑๕ โดยมีศูนย์กลางที่เมืองปาเลมบัง ในเกาะสุมาตรา และชวาตอนกลาง และเริ่มเสื่อมลงเมื่อสิ้นสุดอิทธิพลของ อาณาจักรศรีวิชัย นับแต่ปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๓
            ในปี พ.ศ.๑๓๘๙ ชาวอาหรับได้เดินทางมาถึงเกาะสุมาตรา เป็นครั้งแรกเป็นพวกพ่อค้า ต่อเนื่องมาจนถึงปี พ.ศ.๑๔๙๓ พวกพ่อค้าเหล่านี้ ได้นำเอาศาสนาอิสลามมาเผยแพร่ด้วย โดยที่ในระยะแรกได้ตั้งศูนย์กลางเผยแพร่ศาสนาขึ้นทางตอนเหนือของเกาะสุมาตรา จากนั้นจึงขยายออกไปทั่วประเทศ
            สมัยอาณาจักรมอสเลม  เมื่ออาณาจักรฮินดูเริ่มตกต่ำลงระหว่างปี พ.ศ.๒๐๕๐ - ๒๐๖๓  อาณาจักรมอสเลมก็เริ่มรุ่งเรืองขึ้นในชวาตอนกลาง สุมาตรา สุลาเวสี กาลิมันตัน จนถึงอิเรียนตะวันตก  และมีผลให้ภาษามาเลย์ซึ่งชาวมุสลิมบริเวณนี้ใช้อยู่ได้แพร่ขยายออกไปและกลายเป็นภาษาประจำชาติของอินโดนีเซียด้วย
            ในระยะนั้น เมืองจาการ์ตายังเป็นเมืองท่าเล็ก ๆ บนเกาะชวา มีชื่อว่า ซุนดาเคลาปา ต่อมาเมืองนี้ได้ถูกนายพลฟามาเตอีนแห่งอาณาจักรเดมัดยึดได้ จึงให้เปลี่ยนชื่อเป็นจาการ์ตา ซึ่งมีความหมายถึงสถานที่แห่งชัยชนะ เพราะเป็นชัยชนะต่อชาวโปรตุเกส ต่อมาในปี พ.ศ.๒๑๖๔ ฮอลแลนด์ได้เข้ามายึดครองอินโดนีเซีย และได้เปลี่ยนชื่อเมืองนี้เป็นปัตตาเวีย
            สมัยตกเป็นอาณานิคมของฮอลแลนด์  ฮอลแลนด์ได้ตั้งบริษัท United Dutch East India Company  เมื่อปี พ.ศ.๒๑๔๕ เพื่อทำการค้า อยู่ที่หมู่เกาะอินเดียตะวันออก ซึ่งนอกจากทำการค้าแล้ว ยังทำหน้าที่แสวงหาอาณานิคมให้แก่ฮอลแลนด์ด้วย ในที่สุดได้ทำการยึดครองอินโดนีเซีย เมื่อปี พ.ศ.๒๑๖๔ และได้ขยายการปกครองออกไปทั่วประเทศ ทำให้อินโดนีเซียตกอยู่ในฐานะอาณานิคมของฮอลแลนด์
            การทำสงครามต่อต้านฮอลแลนด์ได้เริ่มขึ้น เมื่อปี พ.ศ.๒๒๐๙ โดยสุลต่านฮานุดดินแห่งโกลา แต่ประสบความล้มเหลว และต้องเซ็นสัญญายอมแพ้ในปี พ.ศ.๒๓๑๐  ในปี พ.ศ.๒๒๓๓ - ๒๓๖๗ บริษัทได้ส่งทหารเข้าควบคุมหมู่เกาะโมลุกกัส (มาลูกู) เพื่อเข้าควบคุมการค้าเครื่องเทศ
            ในระยะเวลาเดียวกันได้ปรากฏมีชาวอังกฤษเข้ามาตั้งถิ่นฐานอยู่ที่เมืองเบวกูเลน บนฝั่งตะวันตกของเกาะสุมาตรา และได้มีการสร้างป้อมค่ายขึ้น ในระยะนี้ชาวอังกฤษยังไม่มีบทบาทมากนัก
            ในปี พ.ศ.๒๒๘๓ ชาวจีนที่อาศัยอยู่ในจาการ์ตาได้ทำการต่อต้านชาวดัตช์ เนื่องจากไม่พอใจที่ถูกเอารัดเอาเปรียบทั้งในด้านเศรษฐกิจ และในด้านอื่น ๆ   ชาวอินโดนีเซียได้เข้าร่วมในการต่อต้านครั้งนี้ด้วย แต่ไม่สามารถเอาชนะได้ เป็นผลให้ชาวจีนถูกชาวดัทช์สังหารมากกว่า ๑๐,๐๐๐ คน
            การเข้าปกครองอังกฤษ  ในระหว่างรัชสมัยของนโปเลียน ฝรั่งเศสได้เข้าครอบครองฮอลแลนด์ บริษัท British East Company  จึงได้เข้าปกครองอินโดนีเซียแทน (พ.ศ.๒๓๕๘ - ๒๓๕๙)  เมื่อนโปเลียนสิ้นอำนาจลงในปี พ.ศ.๒๓๕๘ อินโดนีเซียก็กลับไปเป็นอาณานิคมของฮอลแลนด์อีก
            การปราบปรามของฉอลแลนด์  นับตั้งแต่อินโดนีเซียตกอยู่ภายใต้การปกครองของฮอลแลนด์ ชาวอินโดนีเซียได้ลุกขึ้นต่อต้านการปกครองของฮอลแลนด์หลายครั้ง แต่ไม่สามารถเอาชนะได้
            การเคลื่อนไหวเพื่อกอบกู้เอกราช  ได้มีการจัดตั้งสมาคม Budi Utom (ความบากบั่นอันสูงส่ง) ขึ้นในปี พ.ศ.๒๔๕๑ ได้ร่วมกันก่อตั้งพรรคการเมืองขึ้นหลายพรรค เพื่อเป็นข้อต่อรองในการเรียกร้องเอกราชจากฮอลแลนด์
            ปี พ.ศ.๒๔๖๗ กลุ่มนักศึกษา ได้ตั้งสมาคมนักศึกษาอินโดนีเซีย โดยมี ดร.โมฮัมหมัดอัตตา เป็นหัวหน้า ต่อมาในปี พ.ศ.๒๔๗๐ ดร.โมฮัมหมัดอัตตา ได้จัดตั้งองค์การสหพันธ์ โดยยรวมพรรคการเมืองของอินโดนีเซียทั้งหมดเข้าด้วยกัน
            ในปีเดียวกัน ดร.ซูการ์โน และบุคคลชั้นนำอีกหลายคนได้ร่วมกันจัดตั้งพรรคชาตินิยมอินโดนีเซียขึ้น และใช้ภาษาบาฮาซา อินโนีเซียเป็นภาษากลางในการติดต่อ ประสานงานสนับสนุนนโยบายที่จะไม่ให้ความร่วมมือใด ๆ แก่เจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองของฮอลแลนด์ การเคลื่อนไหวดังกล่าวได้รับการสนับสนุนอย่างกว้างขวางในกลุ่มเยาวชน และทำให้เกิดองค์การยุวชนขึ้นในท้องถิ่นต่าง ๆ
            สมัยการยึดครองของญี่ปุ่น  ในระหว่างสงครามมหาเอเซียบูรพา กองทัพญี่ปุ่นได้เข้ายึดครองอินโดนีเซียได้ระหว่างปี พ.ศ.๒๔๘๕ - ๒๔๘๗ กองทัพญี่ปุ่นพยายามเอาใจชาวอินโดนีเซียด้วยการปล่อยตัวผู้นำทางการเมืองที่ถูกทางการฮอนแลนด์คุมขังไว้
            การประกาศอิสระภาพ  เมื่อญี่ปุ่นแพ้สงครามใน ปี พ.ศ.๒๔๘๘ ญี่ปุ่นได้เปิดโอกาสให้ชาวอินโดนีเซียในการนำของ ดร.ซูการณ์โน และ ดร.โมฮัมหมัด ฮัตตา ประกาศอิสระภาพของอินโดนีเซีย เมื่อปี พ.ศ.๒๔๘๘ พร้อมกับประกาศหลักการแห่งรัฐห้าประการ (ปัญจศีล) คือ
                - เชื่อมั่นในพระเจ้าสูงสุดเพียงองค์เดียว
                - มวลมนุษย์แห่งอารยะ
                - ชาตินิยม
                - ประชาธิปไตย
                - ความยุติธรรมของสังคม
            อินโดนีเซียได้ประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรก เมื่อปี พ.ศ.๒๔๘๘ และได้เลือกตั้ง ดร.ซูการ์โน เป็นประธานาธิบดี และ ดร.โมฮัมหมัด ฮัตตา เป็นรองประธานาธิบดี
            หลังจากที่ได้ประกาศอิสระภาพได้ไม่นาน ฮอนแลนด์ก็ได้พยายามกลับเข้ายึดครองอินโดนีเซียอีก ทำให้เกิดการสู้รบอย่างรุนแรงบนเกาะสุมาตรา เมื่อ ๑๐ พฤศจิกายน ๒๔๘๘ อินโดนีเซียจึงถือเอาวันดังกล่าวเป็นวันวีรบุรุษแห่งชาติ และมีการฉลองเป็นประจำทุกปี
            จากเหตุการนองเลือดดังกล่าว ทำให้อินโดนีเซียประกาศใช้นโยบายสันติ และเป็นมิตรกับทุกประเทศ และแสวงหาการสนับสนุนจากอังกฤษ ได้ตกลงเซ็นสัญญา เมื่อปี พ.ศ.๒๔๙๐ โดยฮอนแลนด์ยอมรับรองอธิปไตยของอินโดนีเซียเหนือเกาะชวา มาดุรา และสุมาตรา แต่ฮอนแลนด์ไม่ยอมปฏิบัติตามสัญญา ได้ให้ทหารเข้ายึดครองอินโดนีเซีย และจับกุมประธานาธิบดีและรองประธานาธิบดีไปควบคุมตัวไว้
            ในปี พ.ศ.๒๔๙๒ ประเทศในเอเซียรวม ๑๙ ประเทศ ได้ร่วมประชุมกันที่กรุงนิวเดลฮี เพื่อเรียกร้องให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติ บังคับให้ฮอลแลนด์ ปล่อยตัวนักโทษการเมือง ของอินโดนีเซียทั้งหมด และมอบอธิปไตยให้อินโดนีเซีย ภายในปี พ.ศ.๒๔๙๓ สหประชาชาติได้ตกลงให้มีการหยุดยิงในอินโดนีเซีย และให้ฮอลแลนด์ปล่อยตัวผู้นำทางการเมืองทั้งหมด กับจัดให้มีการประชุมขึ้นที่กรุงเฮก เนเธอร์แลนด์ ในปี พ.ศ.๒๔๙๒ จากการประชุมครั้งนี้ ทำให้อินโดนีเซีย ได้รับเอกราชอย่างสมบูรณ์ เมื่อ ๒๗ ธันวาคม ๒๔๙๒  ยกเว้นเกาะอิเรียนตะวันตก ยังคงอยู่ในการปกครองของเนเธอร์แลนด์
สภาพทางสังคม

            ชีวิตความเป็นอยู่  ฐานะความเป็นอยู่ของประชากรมีความแตกต่างกันมาก ส่วนใหญ่มีฐานะค่อนข้างยากจน หลังจากอินโดนีเซียได้ประกาศเอกราช เมื่อปี พ.ศ.๒๔๘๘ ก็ได้เริ่มพัฒนาประเทศในหลายด้าน โดยตั้งหน่วยงานของรัฐขึ้นหลายแห่ง มีหน่วยงานที่สำคัญคือ กระทรวงกิจการของสังคม
            นอกจากหน่วยงานของรัฐแล้วยังมีองค์การ และสมาคมต่าง ๆ ที่พยายามเข้าช่วยเหลือแก้ปัญหาของสังคมอยู่เป็นจำนวนมาก โดยยึดหลักขนบธรรมเนียมประเพณีของชาติ ระบบโกตองโรยองได้แก่ การช่วยเหลือซึ่งกันและกัน
            อาชีพ  อาชีพหลักของประชาชนอินโดนีเซียได้แก่
                การเพาะปลูก  ผลิตผลที่สำคัญทำรายได้ให้กับประเทศได้แก่ข้าว มันสำปะหลัง ข้าวโพด มันเทศ ยาง มะพร้าวและน้ำตาล
                การทำป่าไม้  อินโดนีเซียมีพื้นที่ป่าประมาณ ๑๑๔ ล้านเฮกตาร์ และนโยบายของรัฐบาลสนับสนุนอุตสาหกรรมผลิตไม้แปรรูป จึงเป็นอาชีพสำคัญอาชีพหนึ่งของประชาชน
                การประมง  แม้อินโดนีเซียจะเป็นเกาะ แต่อาชีพทางการประมงยังไม่ค่อยเจริญ ประชาชนที่มีอาชีพประมงก็เป็นประชาชนที่อยู่ตามชายฝั่งทะเล การใช้เครื่องมือทางประมง ยังไม่พัฒนาเท่าที่ควร ส่วนใหญ่เป็นการประมงขนาดย่อม
                การเลี้ยงสัตว์  มีการเลี้ยงกันเกือบทุกชนิด แต่ที่นิยมกันมาก และมีปริมาณการผลิตสูงได้แก่วัวเนื้อ วัวนม ควาย แพะและแกะ
                การทำเหมืองแร่  เป็นอาชีพสำคัญของประชากร เพราะประเทศอินโดนีเซียอุดมสมบูรณ์ด้วยทรัพยากรแร่ธาตุต่าง ๆ
                การอุตสาหกรรม  อินโดนีเซียมีโรงงานอุตสาหกรรมหลายประเภทที่สำคัญ ๆ ได้แก่ โรงงานผลิตอาหารสำเร็จรูป โรงงานผลิตเครื่องมือทางการเกษตร โรงงานยาสูบ โรงงานอุตสาหกรรมไม้แปรรูป โรงงานเครื่องหนัง โรงงานปูนซีเมนต์ โรงงานสร้างรถยนต์ และโรงงานสร้างเครื่องบิน
            การอพยพย้ายถิ่นฐาน  เพื่อคลี่คลายความหนาแน่นของประชากรในบางแห่ง และเพื่อกระจายให้เกิดความสมดุลของประชากร รัฐบาลจึงได้มีการอพยพ ย้ายถิ่นฐานเช่น ย้ายผู้ที่ชอบทำการกสิกรรมให้ไปอยู่ในภูมิภาคที่มีคนอยู่น้อย รัฐบาลได้ให้ความช่วยเหลือในการย้ายถิ่นฐาน โดยจัดหาที่ดิน บ้าน รวมทั้งโรงเรียนระดับประถม และมัธยม การสาธารณสุขและสิ่งจำเป็นขั้นมูลฐานเช่น ถนน สหกรณ์ ศาลาประชาชน ศาสนสถาน และอุปกรณ์การเกษตร เป็นต้น
            โดยที่เกาะชวาซึ่งเป็นที่ตั้งเมืองหลวง มีประชากรหนาแน่น และส่วนใหญ่ได้รับการศึกษาสูง มีฐานะดี เป็นคนมุสลิมที่ไม่เคร่งครัดมาก เนื่องจากพระพุทธศาสนาได้เข้ามารุ่งเรืองอยู่จนเป็นศูนย์กลางของพระพุทธศาสนาอยู่ก่อน ตั้งแต่ปี พ.ศ.๑๔๓ - ๗๔๓ นอกจากนี้เกาะชวายังเป็นศูนย์ทางวัฒนธรรม และโดยความเชื่อในปัจจุบัน ประมุขของรัฐหรือประธานาธิบดีต้องเป็นคนชวา รัฐบาลจึงมีนโยบายที่จะพยายามอพยพคนชวาไปอยู่ในติมอร์ตะวันออก (ก่อนแยกตัวเป็นอิสระ) สุมาตราเหนือ (เฉพาะที่อาเสรี) สุลาเวสีและกาลิมันตัน
            จิตสำนึกของชนกลุ่มต่าง ๆ ในการรักษาผลประโยชน์ของชาติ  เนื่องจากอินโดนีเซียประกอบด้วย ชนหลายเผ่าพันธ์ และกระจัดกระจายอยู่ตามเกาะต่าง ๆ ทั่วประเทศ ชนเหล่านี้มีขนบธรรมเนียมประเพณี และวัฒนธรรมแตกต่างกันไป ทำให้รัฐบาลต้องหาทางที่จะให้ชนเหล่านี้ มีจิตสำนึกในการเป็นคน เชื่อชาติเดียวกัน ด้วยวิธีการต่าง ๆ ให้ใช้ภาษาเดียวกันเป็นภาษากลางประจำชาติ (ภาษาฮาซา อินโดนีเซีย) สร้างคำขวัญโน้มน้าวจิตใจขึ้นเช่น ประเทศเดียว ชาติเดียว ภาษาเดียว ปลูกฝังหลักปัญจศีล ขนบธรรมเนียมโกตองเรยอง และบินเนกาตุงกาลอิกะ (สามัคคีในชนต่างเผ่า) ให้ประชาชนยึดมั่น
            โดยทั่วไปแล้วชาวอินโดนีเซีย จะมีความสมัครสมานสามัคคีกันเป็นอันดี เพราะได้ต่อสู่เพื่อความเป็นเอกราชมาด้วยกัน และรู้ถึงความลำบากยากแค้น ในสมัยที่ตกเป็นอาณานิคมของชาวตะวันตกมาเป็นอย่างดี สิ่งเหล่านี้ทำให้ชาวอินโดนีเซียมีความสามัคคี เป็นอันหนึ่งอันเดียวกันมาตลอด
            ในอดีตที่ชาวอินโดนีเซียเคยอยู่ภายใต้การปกครองของคนต่างชาติมาเป็นเวลาช้านาน ทำให้ชาวอินโดนีเซียรังเกียจชาวต่างประเทศ โดยเฉพาะอย่างยิ่งชาวยุโรป ด้วยเหตุนี้อินโดนีเซียจึงพยายามดำเนินนโยบายที่เป็นอิสระ ไม่ผูกพันกับประเทศใด พยายามสร้างความแข็งแกร่งให้กับกองทัพ เพื่อครองความเป็นใหญ่ ในภูมิภาคเอเซียตะวันออกเฉียงใต้
            ความขัดแย้งระหว่างชนกลุ่มต่าง ๆ  อินโดนีเซียมีชาวจีนโพ้นทะเลอยู่มากกว่า ๓.๕ ล้านคน เป็นคนจีนที่ถือหนังสือเดินทางของประเทศจีนเกือบ ๑ ล้านคน ที่เหลือเป็นผู้ที่ได้รับสัญชาติอินโดนีเซียแล้ว ชาวจีนส่วนใหญ่เป็นผู้ควบคุมเศรษฐกิจที่สำคัญภายในประเทศ และบางกลุ่มยังให้การสนับสนุนพรรคคอมมิวนิสต์ใต้ดิน ในอินโดนีเซียด้วย ทำให้ชาวอินโดนีเซีย มีความรู้สึกรังเกียจชาวจีนตลอดมา และมักจะมีการปะทะกันระหว่างชนสองเชื้อชาตินี้อยู่เสมอ ระหว่างการกวาดล้างคอมมิวนิสต์ เมื่อปี พ.ศ.๒๕๑๐ มีชาวจีนถูกสังหารไปเป็นจำนวนมาก รัฐบาลอินโดนีเซีย ได้ใช้มาตรการกำหนดเขตที่อยู่ และการเนรเทศชาวจีนที่มีพฤติการณ์ บ่อนทำลายอินโดนีเซีย ออกนอกประเทศ แต่ก็ไม่สามารถลดอิทธิพลของชาวจีนลงได้ ต่อมารัฐบาลอินโดนีเซียได้ผ่อนปรนให้ชาวจีนที่มีถิ่นฐานอยู่ในประเทศอินโดนีเซีย โอนสัญชาติเป็นชาวอินโดนีเซียได้
ศาสนา
            ภูมิหลังทางประวัติศาสตร์  ถึงแม้ว่าอินโดนีเซียจะมีศาสนาหลายศาสนาด้วยกัน แต่เมื่อเกิดกรณีขัดแย้งในทางศาสนาก็จะเกิดในชั่วระยะเวลาอันสั้นเท่านั้น ประวัติศาสตร์ของอินโดนีเซียได้แสดงถึงการสมยอมกันในระหว่างศาสนาต่าง ๆ มาตลอดเวลากว่าพันปี ทุกอย่างได้ดำเนินไปอย่างสงบสุข ความใจกว้างในเรื่องศาสนา เป็นวิถีชีวิตของชาวอินโดนีเซียมาเป็นเวลาช้านานแล้ว
            รัฐธรรมนูญของอินโดนีเซีย ให้สิทธิแก่ทุกคนที่จะนับถือศาสนาของตน ทุกคนมีเสรีภาพในทางศาสนา มีสิทธิที่จะเผยแพร่ศาสนาของตน เมื่อการกระทำนั้น ไม่เป็นการละเมิดต่อกฎหมาย และความสงบของสังคมและชาติบ้านเมือง
                ศาสนาสำคัญในอินโดนิเซีย  มีอยู่ห้าศาสนาหลัก ๆ ด้วยกันคือ
                    ศาสนาอิสลาม  มีผู้นับถือประมาณร้อยละ ๙๐
                    ศาสนาคริสต  มีผู้นับถือประมาณร้อยละ ๓ เป็นผู้นับถือนิกายโปแตสแตนท์ มากกว่านิกายโรมันคาธอลิคสองเท่า ผู้ที่นับถือนิกายโรมันคาธอลิค ส่วนใหญ่เป็นคนชวาภาคกลาง ชาวเกาะสุลาเวสี นุสาเตงการา และมาลูกู
                    ศาสนาพุทธ  มีผู้นับถือประมาณร้อยละ ๑
                    ศาสนาฮินดู  มีผู้นับถือประมาณร้อยละ ๓ ส่วนใหญ่อยู่ในเกาะบาหลี
                    ศาสนาขงจื้อ  มีผู้นับถือประมาณร้อยละ ๓ ส่วนใหญ่เป็นชาวจีน
                การสอนศาสนา  อินโดนิเซียมีมหาวิทยาลัยชั้นสูงหลายแห่ง ซึ่งมีทั้งมหาวิทยาลัยที่สอนศาสนาคริสต์ นิกายโรมันคาธอลิค และมหาวิทยาลัยที่สอนศาสนาอิสลาม
                แม้ว่าอินโดนิเซีย จะมีประชากรที่นับถือศาสนาต่างกันมาก แต่ก็ไม่ก่อให้เกิดปัญหาขัดแย้งทางศาสนาที่รุนแรง แต่ก็ปรากฎว่ามีกลุ่มต่อต้านรัฐบาลหลายกลุ่ม ที่พยายามใช้ศาสนาเป็นเครื่องมือ ในการดำเนินงาน เช่น ขบวนการคอมมานโดจีฮัด และขบวนการอาเจห์เสรี ซึ่งมีเป้าหมายที่จะจัดตั้งรัฐบาลอิสลามขึ้น แต่การดำเนินการดังกล่าวไม่สามารถขยายตัวได้มากนัก เนื่องจากไม่ได้รับการสนับสนุนจากประชาชน และถูกปราบปรามอย่างรุนแรงจากรัฐบาล
                ในอินโดนีเซีย ผู้แทนคริสตศาสนานิกายโรมันคาาธอลิค และนิกายโปรเตสแตนท์ ได้ดำเนินงานอย่างเข้มแข็งในพื้นที่ต่าง ๆ ซึ่งนอกจากดำเนินงานทางงศาสนาแล้ว ยังได้ทำงานในด้านสังคมและการศึกษา ได้สร้างสถาบันต่าง ๆ เช่น โรงพยาบาล โรงเลี้ยงเด็กกำพร้า โรงเรียนและอื่น ๆ
                พลเมืองส่วนใหญ่ในเขตสุมาตราเหนือ (ตามูนูลี) ในซิลีบีสเหนือ (มินาฮาซา) ในนุสาเหงการา ในโบลูกัสและอิเรียนชยา ชาวเมืองได้หันไปนับถือศาสนาคริสต์ ในอินโดนีเซียมีชาวคาธอลิคประมาณ ๑ ล้านคน และชาวโปรเตสแตนท์ประมาณ ๒ ล้านคน
                สมาคมมุสลิมก็ได้ดำเนินงานอย่างเข็มแข็งเหมือนกัน งานดังกล่าวไม่เกี่ยวแต่เฉพาะศาสนาเท่านั้นแต่รวมถึงงานทุกด้านทางสังคม การเมือง และเศรษฐกิจของประชาชน
                เกาะบาหลี  เป็นเกาะที่มีพลเมืองนับถือศาสนาฮินดู จะพบวัดเป็นจำนวนมาก ในชนบททุกแห่งจะมีวัดอย่างวน้อยสามวัด ซึ่งประชาชน จะพากันนำเครื่องสักการะไปบูชา เทพเจ้าเป็นประจำ ชาวบาหลีใช้ชีวิตอย่างชาวฮินดูมาช้านาน ปัจจุบันก็ยังมีมีสภาพอย่างเดิม ศาสนาพราหมณ์ฮินดูยังคงมีชีวิตอยู่ในบาหลี
            ศาสนาที่เป็นที่นิยมของประชาชน  ชาวอินโดนีเซียประมาณ ร้อยละ ๘๘ นับถือศาสนาอิสลาม ทำให้อินโดนีเซีย เป็นประเทศที่มีคนนับถือศาสนาอิสลาม มากที่สุดในโลก เนื่องจากอินโดนีเซียเป็นประเทศที่มีประชากรมากเป็นอันนดับต้น ๆ ของโลก
            อิทธิพลของศาสนาต่อการดำเนินชีวิต  เนื่องจากอินโดนีเซียมีประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม จึงมีแนวทางในการดำเนินชีวิต ตามแบบฉบับของศาสนาอิสลาม ดังนี้
                การครองเรือน  อุดมการณ์ของศาสนาอิสลามถือว่าผู้ชายเป็นผู้นำ เป็นหัวหน้าครอบครัว เป็นผู้เลือกถิ่นที่อยู่ เป็นผู้รับผิดชอบต่อความทุกข์สุขของครอบครัว และเป็นผู้สืบสกุล ด้วยเหตุนี้อิสลามจึงห้ามขาดไม่ให้หญิงมุสลิมเป็นภรรยาของผู้ที่มีความเชื่อถือต่างกัน ผู้ใดฝ่าฝืนให้ถือว่าได้ลาออก หรือถูกไล่ออกจากสังคมอิสลามแล้ว สมาชิกของสังคมอิสลาม มีสิทธิที่จะทำการประชาทัณฑ์ด้วยการเลิกคบหาสมาคมด้วย แต่ถ้าฝ่ายชายได้เปลี่ยนอุดมการณ์ ความเชื่อถือเดิมมาเป็นอย่างเดียว กับฝ่ายหญิงแล้วด้วยความสมัครใจก่อนการสมรสกัน หญิงมุสลิมก็ทำการสมสรสด้วยได้ ผู้นับถือศาสนาอิสลามมีความยึดมั่นในข้อห้ามอย่างแน่วแน่ จนต้องนำเอาหลักจารีตประเพณี มาบังคับเป็นกฎหมาย เพื่อกำหนดสถานภาพของครอบครัว อันเป็นการจำกัดสิทธิของสตรี จนมีการดิ้นรนเรียกร้องสิทธิเพิ่มขึ้น ทางสภาผู้แทนราษฎร
                การกำหนดสถานภาพทางครอบครัวของอินโดนีเซีย ตามกฎหมาย จารีตประเพณี มีดังนี้
                ชายเป็นหัวหน้าครอบครัว สืบเชื้อสายทางฝ่ายชายตั้งแต่บรรพบุรุษ สตรีถ้าสมรสแล้วต้องออกจากตระกูลของตนเองมาเป็นสมาชิกในครอบครัวของสามี บุตรที่เกิดเป็นสมาชิกในครอบครัวของสามี
                มารดาเป็นหัวหน้าครอบครัวสืบเชื้อสายทางฝ่ายหญิง สามีและภรรยายังอยู่ในครอบครัวเดิมของตน บุตรที่เกิดจากสมาชิกในครอบครัวของมารดา
                บิดามารดา เป็นหัวหน้าครอบครัว สืบเชื้อสายทางฝ่ายชายและหญิง สามีและภรรยายังอยู่ในครอบครัวเดิมของตน ส่วนบุตรที่เกิดคงเป็นสมาชิกในครอบครัวฝ่ายบิดาและมารดา
                ตามปกติในชุมชนบางแห่ง การลำดับญาตินี้ทำให้ทางฝ่ายชายมีอำนาจเหนือฝ่ายหญิง หรือหญิงมีฐานะด้อยกว่าชาย ทางฝ่ายหญิงแม้จะมีหลักฐานเหนือกว่า ก็ไม่มีอำนาจเหนือกว่าชายทุกอย่าง ส่วนทางบิดา และมารดานั้น ฐานะของหญิงเท่าเทียมชายในกฎหมายจารีตประเพณี
                การสมรสของชาวอินโดนีเซีย ส่วนใหญ่ถือปฏิบัติตามประเพณี และบทบัญญัติของกฎหมายโมฮัมหมัด การหย่าร้างตามกฎหมายโมฮัมหมัด ให้สิทธิสามีเป็นผู้บอกเลิก แม้การบอกเลิกจะได้กระทำไปโดยไม่มีเหตุผล
                การอุปโภคและบริโภค  อิสลามแนะนำให้อยู่ดีกินดี บริโภคอาหารที่มีคุณแก่ร่างกาย และสะอาดกับจิตใจ และอุปโภคเครื่องนุ่งห่มที่ประกอบจากวัสดุที่สะอาด และรักษาให้สะอาด เตรียมพร้อมที่จะนมัสการต่อพระเจ้าอยู่เสมอ
                ตามคัมภีร์กุรอาน อิสลาม ได้เว้นการบริโภคซากสัตว์ สัตว์ที่ตายเอง เนื้อสุกร และสัตว์ทั้งหลายที่ถูกเชือด หรือถูกประหารโดยการขออนุญาตจากผู้ที่มิใช่อัลลอห์ นอกจากนี้ยังมีสัตวซ์พาวหนะและสัตว์เลี้ยงเช่น ลา แมว สุนัข สัตว์เลื้อยคลาน สัตว์ประเภทนกที่ใช้เท้าเป็นสื่อส่งอาหารใส่ปากเช่น แร้ง เหยี่ยว กา และสัตวว์ที่บริโภคเนื้อสัตว์ด้วยยกันเช่น เสือ สิงโต
                การที่ห้ามบริโภคเนื้อสัตวว์ที่ถูกฆ่า โดยผู้ที่ไม่ใช่เป็นอิสลามนั้นเนื่องมาจากสิทธิของพระเจ้า เพราะอิสลามถือว่าพระเจ้าเป็นเจ้าชีวิต แม้สัตว์ที่ยอมให้เป็นอาหารของมนุษย์แล้วก็ตาม แต่มนุษย์จะบริโภคได้ก็แต่เลือดเนื้อของสัตว์เท่านั้น ส่วนชีวิตเป็นของพระเจ้า เมื่อจะเชือด หรือประหารชีวิต เพื่อนำมาเป็นอาหารจะต้องขอนุญาตจากพระเจ้าเสียก่อน นอกจากปลาและสัตวว์น้ำ ซึ่งโดยกฎของบสวภาวะของพระเจ้า เมื่อขึ้นมาอยู่บนบกมันจะตายเองด้วยดินฟ้าอกาศ ซึ่งเป็นเครื่องมือของพระเจ้า
                พิธีศพ  อุดมการณ์ของอิสลามถือว่า การให้เกียรติแก่ศพ ไม่ว่าเมื่อมีชีวิตอยู่ จะถือศาสนาอะไร เป็นมารยาทอันสูงส่งที่มุสลิมทุกคนบจะถือปฏิบัติตาม การทำลายศพเป็นข้อห้ามอย่างเด็ดขาด โดยที่อุดมการณ์ของอิสลามถือว่ามนุษย์ และสรรพสิ่งทั้งหลายถูกสร้างโดยพระเจ้า ร่างกายของมนุษย์จึงยตกเป็นสิทธิของพระเจ้า เมื่อสิ้นชีวิตแล้วก็ต้องส่งยคืนไปในสวภาพเดิมและไปสู่ที่เดิม
                การถือศีลอด  การถือศีลอดในเดือนรอมฎอนปีละหนึ่งเดือนคือ การอดอาหาร และเครื่องดื่ม ตลอดจนการบริโภคใด ๆ ทั้งสิ้น ระหว่างเวลาก่อนรุ่งอรุณ จนตะวันตกดิน เพื่ออบรมให้มีความอดทนต่อความหิวกระหาย เพื่อใให้รู้ซึ้งถึงอาการของความหิวกระหายว่าเป็นประการใด เพื่อมนุษย์ที่เกิดความหิวกระหาย เพราะอัตคัดขัดสน ควรจะได้รับการช่วยเหลืออย่างไรและเพียงใด
                การบำเพ็ญฮัจยี  การไปร่วมกันประกอบพิธีฮัจยีในเมืองเมกกะห์หนึ่งครั้งในชีวิตนั้น ถือปฏิบัติสำหรับผู้มีกำลังทรัพย์และกำลังกายเท่านั้น เพื่อประโยชนน์ในการอบรมจิตใจ ให้นิยมความเสมอภาค เพราะในพิธีนี้ไม่ว่าจะเป็นกษัตริย์หรือคนธรรมดาสามัญที่รวมอยู่ในพิธีจะต้องแต่งกาย และกระทำพิธีอย่างเดียวกันหมด
            ปูชนียสถาน  ปูชนียสถานในพระพุทธศาสนาได้แก่ โบโร บูเดอร์ (borobudur) อยู่ในยอร์คจาการ์ตา สร้างเมื่อปี พ.ศ.๘๐๐ ศาสนสถานในศาสนาพราหมณ์ฮินดู ในเกาะบาหลี และมัสยิดอัล อาซาร์ของศานาอิสลาม ที่สร้างขึ้นภายหลังศาสนสวถานของพระพุทธศาสนา และศาสนาพราหมณ์ฮินดู
            ความเชื่อของคนอินโดนีเซีย  คนอินโดนีเซียเชื่อเรื่องวิญญาณ พระเจ้า บรรพบุรุษ ภูติผีปีศาจ ดวงดาว ต้นไม้ศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งพบมากในเกาะบาหลีและเกาะต่าง ๆ ที่ควารมเจริญสมัยใหม่ยังเข้าไปไม่ถึง