สำหรับเมืองสมุทรปราการ สันนิษฐานว่า ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม (พ.ศ.๒๑๓๖ - ๒๑๗๑) ในบริเวณใต้คลองบางปลากด ซึ่งอยู่ทางฝั่งขวาของแม่น้ำเจ้าพระยา เพราะสมัยนั้นบริเวณคลองปลากดได้มีชาวฮอลันดา ซึ่งเข้ามาติดต่อค้าขายกับไทย ตั้งแต่ในรัชสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถ และได้รับพระราชทานที่ดินบริเวณเหนือคลองปลากด เป็นที่ตั้งคลังสินค้า เป็นสถานีการค้าที่มั่นคงใหญ่โต จึงถูกยกย่องกันในหมู่ชาวฮอลันดาว่า นิวอัมสเตอร์ดัม
            ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ไทยมีเรื่องพิพาทกับฮอลันดา ฮอลันดาจึงทอดทิ้งคลังสินค้าดังกล่าวไป ฮอลลันดาเคยนำเรือรบสองลำ มาปิดอ่าวไทยที่นิวอัมสเตอร์ดัม เมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ.๒๒๐๗ เป็นเวลาสามเดือน เพื่อให้มีผลด้านการแข่งขันทางการค้า
            เมืองสมุทรปราการที่สร้างขึ้นนี้เข้าใจว่าจะกลายเป็นเมืองร้างในสมัยเสียกรุงศรีอยุธยา ครั้งที่ ๒ เมื่อปี พ.ศ.๒๓๑๐ และคงถูกพม่าทำลายย่อยยับ ขณะนี้ยังหาทรากเมืองไม่พบ
ลำดับพัฒนาการทางประวัติศาสตร์
            พ.ศ.๒๑๒๑ พระยาจีนจันตุ ขุนนางเขมรไปตีเมืองเพชรบุรีไม่ได้ จึงหนีมาพึ่งพระบรมโพธิสมภารสมเด็จพระมหาธรรมราชา ต่อมาเมื่อรู้ว่าพระยาละแวก ไม่เอาโทษจึงลอบพาสมัครพรรคพวกหนีกลับโดยเรือสำเภา สมเด็จพระนเรศวรมหาราช ขณะทรงเป็นพระยุพราช ได้เสด็จลงเรือพระที่นั่งไล่ตามไปทันที่ปากน้ำเจ้าพระยา เกิดรบพุ่งกัน พอดีสำเภาได้ลมแล่นออกทะเลใหญ่หนีไปได้ เวลานั้นเมืองหน้าด่านทางน้ำยังเป็นเมืองพระประแดง อยู่ปากน้ำพระประแดง ซึ่งยังอยู่ลึกเข้ามาถึงด้านคลองเตย
            พ.ศ.๒๑๖๓ ในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรม พวกฮอลันดากำลังมีอิทธิพลทางการค้ากับไทย เป็นเหตุให้ชนชาติโปรตุเกสที่เข้ามาค้าขายกับไทยเป็นชาติแรก ไม่พอใจจนเกิดเหตุขึ้น เรือกำปั่นโปร์ตุเกสพบเรือฮอลันดาที่ปากน้ำเจ้าพระยา ก็จับยึดเรือไว้ พระเจ้าทรงธรรมทรงทราบก็ได้ทรงโปรดเกล้า ฯ ให้ทหารลงไปบังคับโปร์ตุเกสให้คืนเรือแก่ชาวฮอลันดา โปร์ตุเกสจึงโกรธเคืองไทยเลิกกิจการค้าขายในกรุงศรีอยุธยา แล้วให้กองทัพเรือมาปิดเอ่าวที่เมืองมะริด
            พ.ศ.๒๑๗๓ พวกญี่ปุ่นที่เข้ามาอยู่ในกรุงศรีอยุธยา ตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ เกิดขัดใจกับไทยถึงขั้นต่อสู้กัน พวกญี่ปุ่นลงเรือสำเภาหนี กองเรือไทยตามไปทันที่ปากน้ำเจ้าพระยา เกิดการต่อสู้กันบริเวณปากน้ำ ญี่ปุ่นหนีไปได้ และไปอาศัยอยู่ที่เมืองเขมร
            พ.ศ.๒๒๐๗ ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ทรงดำเนินกิจการค้าอย่างกว้างขวางให้คนจีนมาประจำหน้าที่ในเรือสินค้าหลวง และส่งเรือสินค้าหลวงออกไปค้าขายกับต่างประเทศหลายลำ ทำให้ผู้ค้าของฮอลันดาไม่พอใจ หาว่าไทยทำการค้าผูกขาด ฮอลันดาจึงเลิกกิจการค้าจากกรุงศรีอยุธยา แล้วเอาเรือรบมาปิดอ่าวไทย คอยจับเรือสินค้าหลวงของไทยไปริบบ้าง ทำลายบ้าง ทำให้สมเด็จพระนารายณ์มหาราช ทรงดำเนินวิเทโศบายผูกมิตรกับฝรั่งเศส
            พ.ศ.๒๒๓๑ ในรัชสมัยสมเด็จพระเทพราชา ไทยเกิดต่อสู้กับฝรั่งเศสที่เข้ามารักษาป้อมวิชัยประสิทธิ์ (อยู่ที่เมืองธนบุรี) ไทยได้ตั้งค่ายรายปืนที่บริเวณปากน้ำเจ้าพระยา เมืองสมุทรปราการ และจับเรือที่ฝรั่งเศสคุมมาได้สองลำ
            พ.ศ.๒๑๙๙ - ๒๒๓๑ ไทยได้ติดต่อกับต่างประเทศมากขึ้น ส่วนมากเข้ามาทางทะเล เมืองสมุทรปราการจึงเป็นเมืองหน้าด่านที่สำคัญมาก มีการปรับปรุงป้อมค่ายให้มั่นคงแข็งแรงยิ่งขึ้น และที่ป้อมปากน้ำนี้เอง เป็นสาเหตุสำคัญที่ทำให้ไทยมีธงชาติขึ้น ในปี พ.ศ.๒๒๐๕ มีเรือกำปั่นฝรั่งเศสเข้ามาทางปากน้ำผ่านป้อมบางกอก และได้ชักธงฝรั่งเศสขึ้น แต่ไทยยังไม่มีธงชาติจึงเอาธงชาติฮอลันดาชักขึ้น ฝรั่งเศสไม่ยอมคำนับธงชาติฮอลันดา ไทยจึงเอาธงชาติฮอลันดาลงแล้วเอาผ้าแดงชักขึ้นแทน ฝรั่งเศสจึงยอมคำนับธงแดง ธงแดงจึงเป็นธงชาติไทยตลอดมาจนกระทั่งมาเพิ่มเป็นธงช้าง
            พ.ศ.๒๓๑๐ เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่า เมืองสมุทรปราการถูกพม่าโจมตีกวาดต้อนผู้คน ปล้นสะดมและทำลายย่อยยับ
            ในสมัยธนบุรี สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้ทรงย้ายราชธานีมาตั้งที่กรุงธนบุรี แล้วโปรดเกล้า ฯ ให้รื้อกำแพงเมืองพระประแดงเดิม ที่ราษฎรบูรณะไปสร้างกำแพงวัง และสิ่งอื่น ๆ ที่กรุงธนบุรี
            พ.ศ.๒๓๒๕ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช องเชียงสือหลานกษัตริย์ญวนได้หนีภัยการเมือง มาพึ่งพระบรมโพธิสมภาร ต่อมาได้ลอบลงเรือหนีไปทางปากน้ำเจ้าพระยา สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท ทรงยกกองเรือตามไปแต่ไม่ทัน ทรงเห็นภัยจากองเชียงสือ จึงโปปรดเกล้า ฯ ให้พระองค์สำรวจพื้นที่บริเวณปากน้ำเจ้าพระยา เพื่อสร้างเมืองใหม่อีกเมืองหนึ่ง ทรงเห็นว่าบริเวณลัดโพธิ มีชัยภูมิเหมาะแก่การสร้างเมือง จึงได้มีการสร้างป้อมค่ายขึ้นที่ฝั่งซ้ายของแม่น้ำเจ้าพระยา (ตรงข้ามกับอำเภอพระประแดงปัจจุบัน) ขึ้นหนึ่งป้อมให้ชื่อว่า ป้อมวิทยาคม
            ในรัชสมัยสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้โปรดเกล้า ฯ ให้สมเด็จพระบวรเจ้ามหาเสนานุรักษ์ ให้เป็นแม่กองไปทำเมืองต่อ โดยตัดเอาท้องที่แขวงกรุงเทพ ฯ บ้างแขวงเมืองสมุทรปราการบ้างรวมกันตั้งขึ้นเป็นเมืองใหม่ พระราชทานชื่อว่า เมืองนครเขื่อนขันธ์ ให้ย้ายครัวมอญจากเมืองปทุมธานี มีพวกพญาเจ่ง มีชายฉกรรจ์ ๓๐๐ คน ไปอยู่นครเขื่อนขันธ์
            ในปี พ.ศ.๒๓๕๒ ท้าวไชยอุปฮาด อุปราชเมืองนครพนม พาครัว ๒,๐๐๐ คน มาพึ่งพระบรมโพธิสมภาร ได้รับโปรดเกล้า ฯ ให้อยู่ที่คลองมหาวงษ์ ต่อมาบางส่วนขอไปอยู่ที่พนัสนิคม พวกนี้ได้ชื่อว่าอาสาลาวปากน้ำ
            ในปี พ.ศ.๒๓๕๓ ไทยเสียเมืองปันทายมาศ (ฮาเตียม) ให้แก่ญวนขอพระราชทาน อ้างว่าเจ้าเมืองเป็นคนไทย ข่มเหงรังแกกชาวเมือง จึงเป็นเหตุให้ต้องเตรียมการสร้างป้อมทางปากน้ำเจ้าพระยา
            การสร้างเมืองนครเขื่อนขันธ์ เพื่อให้มีความมั่นคงแข็งแรงไว้ป้องกันศึกทางทะเล จึงให้สร้างป้อมทางฝั่งตะวันออกสามป้อมคือ ป้อมเจ้าสมิงพราย ป้อมปีศาจสิง และป้อมราหูจร ทางฝั่งตะวันตกสร้างอีกห้าป้อมคือ ป้อมแผลงไฟฟ้า ป้อมมหาสังหาร ป้อมศัตรูพินาศ ป้อมจักรกรอ และป้อมพระจันทร์พระอาทิตย์ ป้อมทั้งหมดชักปีกกาถึงกัน ข้างหลังเมืองทำกำแพงล้อมรอบ ตั้งยุ้งฉางตึกดิน และศาลาไว้เครื่องศาสตราที่ริมแม่น้ำทำลูกหุ่นสายโซ่ สำหรับขึงกับแม่น้ำ เอาท่อนซุงมาทำเป็นต้น โกลนร้อยเกี่ยวเข้ากระหนาบเป็นตอน ๆ เข้าไปปักหลักระหว่างต้นโกลนทุกช่อง ร้อยโซว่ผูกหุ่นมั่นคงแข็งแรง
            นอกจากนี้ยังได้โปรดเกล้า ฯ ให้ขุดคลองลัดใหม่ขึ้นเหนือคลองลัดโพธิ เมืองนครเขื่อนขันธ์จึงตั้งอยู่ระหว่างปากคลองลัดโพธิ และคลองลัดหลวง จึงนิยมเรียกเมืองนี้ว่า ปากลัด ต่อมาในปี พ.ศ.๒๓๕๖ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างป้อมเพชรหึงขึ้นอีก