คลองพันเต เกาะตะรุเตา จังหวัดสตูล อยู่ที่อ่าวพันเตมะละกา เป็นคลองที่มีขนาดใหญ่และ มีความยาวมาก สามารถแล่นเรือเข้าไปเที่ยวชมได้ เป็นระยะทางหลายกิโลเมตร สภาพสองข้างทางเป็นป่าโกงกางสลับกับโขดหินผา น้ำในลำคลองเป็นน้ำกร่อย ในอดีตคลองพันเตมะละกาได้ชื่อว่ามีจระเข้อาศัยชุกชุมมาก                                             สิ่งที่น่าสนใจบริเวณ  คลองมะละกานอกจากสภาพภูมิประเทศที่สวย บริเวณต้นน้ำมีถ้ำดั้นถึง 3 แห่ง เป็นถ้ำที่มีน้ำไหลลอดออกมาจากภายในสู่ลำคลอง  ถ้ำที่มีชื่อเสียงมากได้แก่ ถ้ำจระเข้ ซึ่งเป็นถ้ำที่ลึกลับวิจิตรสวยงามด้วยหินงอกหินย้อยรูปร่างแปลกตา  อันเกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ ทางอุทยานฯ ได้ทำทางเดินภายในถ้ำ และยังมีผู้นำทางให้ความสะดวก   การเดินทางสามารถเดินทางได้โดยติดต่อเรือหางยาวบริเวณหน้าที่ทำการอุทยานฯ หรือนั่งเรือไปตามลำคลองพันเตมะละกา  ซึ่งทางอุทยานฯ ได้จัดเรือไว้บริการพาชมถ้ำ   ในที่ต่าง ๆ