ผลการสำรวจ ปรากฏว่าสภาพพื้นที่ป่าสมบูรณ์ สัตว์ป่าหลายชนิดชุกชุม และมีทิวทัศน์ธรรมชาติที่สวยงามหลายแห่ง ตามรายงานการสำรวจ ที่ กส 0713(ภจ)/พิเศษ ลงวันที่ 12 เมษายน 2526 เพื่อเป็นการสนองตอบความต้องการของราษฎรที่จะอนุรักษ์ป่าภูจอง-นายอยไว้ ต่อมานายเคน ประคำทอง ราษฎรอำเภออุดมเดช จังหวัดอุบลราชธานี ได้มีหนังสือลงวันที่ 1 มิถุนายน 2526 ถึงรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เร่งรัดการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติแห่งนี้ กองอุทยานแห่งชาติจึงได้เร่งรัดสำรวจหาข้อมูลเพิ่มเติมเห็นว่า พื้นที่ป่าภูจอง-นายอยมีสภาพทิวทัศน์และธรรมชาติที่สวยงามเหมาะที่จะจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติ ตามหนังสือวนอุทยานภูจอง ที่ กห 0713(ภจ)/77 ลงวันที่ 9 สิงหาคม 2527

กองอุทยานแห่งชาติ กรมป่าไม้ ได้นำเสนอคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติ ซึ่งได้มีมติการประชุมครั้งที่ 3/2527 เมื่อวันที่ 12 กันยายน 2527 เห็นชอบให้กำหนดพื้นที่ป่าดังกล่าวเป็นอุทยานแห่งชาติ โดยได้มีพระราชกฤษฎีกากำหนดบริเวณที่ดินป่าภูจอง-นายอยในท้องที่ตำบลห้วยข่า อำเภอบุณฑริก ตำบลนาจะหลวย อำเภอนาจะหลวย และตำบลโดมประดิษฐ์ อำเภอน้ำยืน จังหวัดอุบลราชธานี ให้เป็นอุทยานแห่งชาติ ซึ่งประกาศไว้ในราชกิจจานุเบกษา เล่ม 104 ตอนที่ 103 ลงวันที่ 1 มิถุนายน 2530 เป็นอุทยานแห่งชาติลำดับที่ 53 ของประเทศ

ลักษณะภูมิประเทศ
ส่วนใหญ่บริเวณป่าภูจอง-นายอยจะเป็นเทือกเขาแหล่งต้นน้ำของลำน้ำลำห้วยที่สำคัญของจังหวัดอุบลราชธานี สภาพป่าโดยทั่วไปเป็นป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง มีพันธุ์ไม้ขึ้นอยู่หนาแน่นและอุดมสมบูรณ์ ส่วนมากดินจะเป็นดินลูกรังปะปนหินปูนตามบริเวณที่ราบบนเนินเขา และประกอบด้วยลานหินลักษณะต่างๆ ตลอดจนหน้าผา เช่น ผาผึ้ง

ลักษณะภูมิอากาศ
สภาพภูมิอากาศของอุทยานแห่งชาติภูจอง-นายอย จัดเป็น 3 ฤดู ฤดูฝน เริ่มราวเดือนมิถุนายน-พฤศจิกายน ฤดูหนาว เริ่มราวเดือนธันวาคม-กุมภาพันธ์ ฤดูร้อน เริ่มราวเดือนมีนาคม-พฤษภาคม ซึ่งอากาศโดยทั่วไปไม่ร้อนจัดเย็นสบายตลอดทั้งปี โดยช่วงฤดูหนาวมีอากาศที่เย็นมากอีกครั้งหนึ่ง

พืชพรรณและสัตว์ป่า
ประกอบด้วยพรรณไม้ชนิดป่าดิบเขา ป่าดิบแล้ง ป่าเบญจพรรณ และป่าเต็งรัง ซึ่งขึ้นอยู่เป็นส่วนๆ มีพรรณไม้ขึ้นหนาแน่นประมาณร้อยละ 75 โดยเฉลี่ยประกอบด้วยไม้พื้นล่างขึ้นหนาแน่น ได้แก่ จำปาป่า และพรรณไม้ดอกต่างๆ แซมเป็นไม้พื้นล่างให้กับไม้ยืนต้นจำพวกตะเคียนทอง ประดู่ ยาง กระบาก ปู่จ้าว พะยูง มะค่า แกแล เป็นต้น ขึ้นแยกอยู่ตามสภาพป่า

น้ำตกบักเตว หรือน้ำตกห้วยหลวง
เป็นน้ำตกที่มีขนาดใหญ่พอสมควร มีผาน้ำกระโจนตกจากแอ่งสู่เวิ้งเบื้องล่างสูงราว 40 เมตร แบ่งเป็น 3 ชั้น ชั้นกลางจะสวยที่สุด มีทางขึ้นลงธรรมชาติ เพื่อชมและเล่นน้ำบริเวณอ่างน้ำด้านล่างได้สะดวก ห่างจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติ 3 กิโลเมตร

จุดชมทิวทัศน์ผาผึ้ง
บริเวณผาผึ้งอยู่ถัดจากพลานยาวไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ สามารถชมทิวทัศน์สวยงามตามแนวชายแดนกัมพูชาประชาธิปไตย และสาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาว โดยที่ชะง่อนผามีถ้ำขนาดย่อย ๆ หินสวยงามและรังผึ้งขนาดใหญ่ให้ชม

สวนหินพลาญยาว
มีกลุ่มหินรูปร่างลักษณะน่าพิศวงเป็นกลุ่มขึ้นอยู่งดงาม บริเวณกว้างหลายๆ จุด สามารถจัดเป็นแหล่งสันทนาการที่สำคัญของป่าภูจอง-นายอยอีกแห่งหนึ่ง

พลาญป่าชาด
อยู่ระหว่างทางจากที่ทำการอุทยานแห่งชาติไปน้ำตกห้วยหลวง เป็นลานหินที่แวดล้อมด้วยป่าเต็งรัง ในช่วงต้นฤดูฝนดอกกระเจียวจะผลิดอกเบ่งบานเต็มท้องทุ่ง พอถึงช่วงปลายฝนต้นหนาวพืชขนาดเล็กอย่างหยาดน้ำค้าง ดุสิตาและสร้อยสุวรรณจะออกดอกสวยงาม

ภูหินด่าง
เป็นหน้าผาที่สามารถชมทะเลหมอกลอยปกคลุมผืนป่าในประเทศลาวได้ชัดเจน บริเวณภูหินด่างยังมีลานหินปุ่มและลานหินแตกลักษณะเดียวกับที่อุทยานแห่งชาติภูหินร่องกล้า การเดินทางสู่ภูหินด่างใช้ทางหลวงจังหวัดหมายเลข 2248 จากอำเภอนาจะหลวยถึงบ้านห้วยข่า เลี้ยวเข้าทางหลวงจังหวัดหมายเลข 2254 ถึงบ้านหนองเม็ก มีทางลูกรังแยกไปทางซ้าย เมื่อถึงหน่วยพิทักษ์อุทยานแห่งชาติที่ ภจ. 5 (พลาญมดง่าม) ต้องขึ้นเขาชันอีกประมาณ 10 กิโลเมตร ก็จะถึงภูหินด่าง

สถานที่ติดต่อ
อุทยานแห่งชาติภูจอง-นายอย
ต.นาจะหลวย อ. นาจะหลวย จ. อุบลราชธานี 34280

การเดินทาง
รถยนต์
จากกรุงเทพฯ ได้ทั้งทางรถไฟ รถยนต์ สายเก่า-สายใหม่ เมื่อถึงจังหวัดอุบลราชธานีแล้ว เดินทางโดยรถยนต์ประจำทาง จังหวัดอุบลราชธานี อำเภอนาจะหลวย ระยะทางประมาณ 100 กิโลเมตร ถ้าหากจะเดินทางโดยรถยนต์ส่วนตัว แนะนำให้ใช้เส้นทาง อุบลราชธานี-อำเภอวารินชำราบ อำเภอเดชอุดม อำเภอน้ำยืน อำเภอนาจะหลวย ระยะทางรวม 140 กิโลเมตร ก่อนถึงอำเภอนาจะหลวยประมาณ 10 กิโลเมตร จะถึงบ้านแก้งเรืองซึ่งมีทางแยกเข้าอุทยานแห่งชาติ

สถานที่กางเต็นท์/เต็นท์
มีพื้นที่กางเต็นท์ พร้อมห้องน้ำ-ห้องสุขารวม ไว้ให้บริการ ท่านสามารถนำเต็นท์มากางเอง หรือติดต่อขอใช้บริการเต็นท์ของอุทยานแห่งชาติ ซึ่งมีค่าบริการอยู่หลายอัตราขึ้นอยู่กับชนิด ขนาดของเต็นท์ และอุปกรณ์ประกอบอื่นๆ รายละเอียดเกี่ยวกับที่พักเต็นท์ขอให้ติดต่อสอบถามกับอุทยานแห่งชาติโดยตรง