ต้นน้ำลำธารน้ำตกกะเปาะ  อยู่ในเขตพื้นที่สองอำเภอคือ บริเวณตำบลหงษ์เจริญ อำเภอท่าแซะ ตำบลทะเลทรัพย์ อำเภอปะทิว เป็นแหล่งต้นน้ำที่มีป่าร่มรื่น เขตวนอุทยานน้ำตกกะเปาะมีแอ่งน้ำเป็นชั้น ๆ มีน้ำไหลตลอดปี แหล่งน้ำนี้ก่อให้เกิดน้ำตกเล็ก ๆ สำหรับให้เป็นแหล่งท่องเที่ยวพักผ่อนหย่อนใจ ใช้ในชีวิตประจำวันมีอยู่สองแห่งคือ น้ำตกกะเปาะ ในเขตอำเภอท่าแซะ และน้ำตกทุ่งยอ อยู่ในเขตอำเภอปะทิว
           ต้นน้ำลำธารเขตป่าสงวนบางน้ำจืด  เป็นพื้นที่ต้นน้ำจากแถบเทือกเขาเล็ก ๆ ทางตอนใต้ของอำเภอปะทิว เช่น เขามะโรง เขาดินสอ ไหลมารวมกันเป็นแอ่งน้ำในเขตตำบลทะเลทรัพย์ แล้วไหลลงสู่ทะเลที่บ้านปากคลอง อำเภอปะทิว
           ตันน้ำลำธารเขตติดต่อกับอำเภอละอุ่น  จังหวัดระนอง อยู่ในเขตอำเภอสวี ทางด้านทิศตะวันตก ซึ่งเป็นเขตเทือกเขากับเขตแดนระหว่างจังหวัดชุมพร กับจังหวัดระนอง เกิดจากแหล่งน้ำทางทิศตะวันออกของเขาแม่แคน ไหลผ่านป่าดงดิบ ทับจางวางหรือคลองทุบทู่ ไหลลงมารวมกับลำน้ำอื่น ๆ เช่น คลองหินดำ คลองดินแดง (ตีนแดง)  คลองถ้ำประทุน คลองน้ำลอดน้อยในเขตเขาทะลุ ตำบลเขาค่ายไหลมาบรรจบกันเป็นคลองสวี
           พื้นที่ต้นน้ำยังเป็นบริเวณป่าที่ค่อนข้างอุดมสมบูรณ์ ระหว่างเทือกเขาหินปูนสลับซับซ้อน เป็นแหล่งน้ำสำคัญที่เกษตรกรต้องใช้น้ำในการปลูกพืชเศรษฐกิจ เช่น กาแฟ และผลไม้ต่าง ๆ
           ต้นน้ำลำธารในเขตพื้นที่ป่าปากทรง - พะโต๊ะ  เป็นแหล่งน้ำที่มีบทบาทสำคัญต่อวิถีชีวิตของชาวอำเภอพะโต๊ะ และอำเภอหลังสวน เกิดจากเทือกเขาภูเก็ต โดยเฉพาะภูเขาแดนและภูเขายายหม่อน ซึ่งเป็นแหล่งต้นน้ำลำธารไหลรวมกันเป็นลำน้ำน้อยใหญ่ เช่น คลองเสาะ คลองปากทรง ลำน้ำทั้งสองสายไหล มาบรรจบกันที่ตำบลปากทรง เป็นจุดเริ่มต้นของแม่น้ำหลังสวน จากคลองน้ำไหลไปบรรจบแม่น้ำหลังสวน ที่ตำบลพะโต๊ะ จากคลองพระรักษ์ คลองเอนก คลองเงิน ไหลไปบรรจบแม่น้ำหลังสวน ในเขตตำบลพระรักษ์ คลองปังหวาน ไหลไปบรรจบแม่น้ำหลังสวนในเขตตำบลปังหวาน
           ต้นน้ำลำธารดังกล่าวเป็นจุดกำเนิดน้ำตกที่สวยงามของอำเภอพะโต๊ะ ได้แก่ น้ำตกเหวโหลน ในเขตตำบลปากทรง และน้ำตกจำปูน ในเขตตำบลพระรักษ์ เป็นจุดกำเนิดน้ำตกที่สวยงามของ อำเภอหลังสวน ในเขตตำบลนาเขาได้แก่ น้ำตกห้วยเหมือง และน้ำตกผางาม
           ต้นน้ำลำธารในพื้นที่ป่าสงวนป่าละแม  เป็นแหล่งน้ำสำคัญของชาวละแม เกิดจากเทือกเขาในเขตอำเภอพะโต๊ะ ไหลผ่านตำบลต่าง ๆ ในเขตอำเภอละแม ได้แก่ ตำบลละแม ตำบลทุ่งคาวัด ตำบลทุ่งหลวง โดยมีคลองเสร็จ ไหลมาบรรจบกับคลองละแม ที่ตำบลละแม และไหลลงสู่ทะเลในเขตตำบลละแม
           แหล่งน้ำสำคัญ  ได้แก่ แม่น้ำลำคลองหลายสายด้วยกัน ดังนี้
              - แม่น้ำท่าตะเภา  เกิดจากการรวมตัวกันของคลองท่าแซะกับคลองรับร่อ ที่บ้านปากแพรก ตำบลท่ากระดาน อำเภอท่าแซะ แล้วไหลผ่านตำบลหาดพันไกร บางลึก ท่าตะเภา บางหมาก แล้วไหลลงสู่ทะเล ในเขตตำบลปากน้ำ อำเภอเเมือง ฯ มีความยาวประมาณ ๓๓ กิโลเมตร