ท้องถิ่นพัทลุงมีพัฒนาการทางประวัติศาสตร์ยาวนาน ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์สืบเนื่องมาถึงสมัยประวัติศาสตร์ โดยมีชุมชนเกิดขึ้นบริเวณชายทะเล ตรงข้ามกับเกาะใหญ่ ในการดูแลของเมืองสทิงพระซึ่งเป็นเมืองที่มีอำนาจในบริเวณนี้ ต่อมามีการรุกรานจากโจรสลัดมลายู ทำให้เมืองสทิงพระอ่อนแอ และเสื่อมอำนาจลง ในประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๙ เกิดเมืองพัทลุงบริเวณโคกเมืองบางแก้วเป็นศูนย์อำนาจใหม่แทนที่เมืองสทิงพระ เป็นศูนย์กลางทางการเมืองการปกครอง ในฐานะเป็นเมืองใต้สุดของอยุธยา ที่มีเมืองขึ้นทั้งฝั่งทะเลอันดามัน และทั้งอ่าวไทย เป็นศูนย์กลางพุทธศาสนาควบคู่กับเมืองพะโคะบนเกาะใหญ่ แต่ต่างก็ขึ้นอยู่ตรงต่อวัดพระบรมธาตุ เมืองนครศรีธรรมราช และเป็นศูนย์กลางทางเศรษฐกิจ จึงประสบภัยจากโจรสลัดมลายูมาโดยตลอด และรุนแรงที่สุดในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๒๑ - ๒๒ ก่อให้เกิดเมืองสงขลาบริเวณหัวเขาแดงบนเกาะใหญ่ขึ้นมา ระหว่างเมืองปัตตานี ซึ่งเป็นเมืองประเทศราชของกรุงศรีอยุธยา กับเมืองพัทลุง เมืองสงขลาหัวเขาแดงเติบโตเร็วมาก เป็นศูนย์อำนาจทางการเมือง การปกครอง แห่งใหม่แทนที่เมืองพัทลุง ในที่สุดเหมือนเป็นรัฐอิสระรัฐหนึ่ง ในบริเวณหัวเมืองแหลมมลายูอยู่นานกว่า ๔๐ ปี ทางอยุธยาถือว่าสงขลาเป็นกบฎ ทำให้เมืองพัทลุงต้องเปลี่ยนไปอยู่บริเวณบ้านควนแร่ และไปตั้งเมืองบริเวณช่องเขาเมืองในที่สุด
            เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียแก่พม่า เมื่อปี พ.ศ.๒๓๑๐ ทำให้เมืองพัทลุงต้องเปลี่ยนไปอยู่ชายทะเลอีกครั้งหนึ่ง และได้อยู่บริเวณนี้เป็นเวลานานกว่า ๑๐๐ ปี ในช่วงนี้พัทลุงลดความสำคัญลง
สมัยก่อนประวัติศาสตร์
            โบราณวัตถุที่เก่าแก่ที่สุดในเขตจังหวัดพัทลุงได้แก่ เครื่องมือหินกะเทาะ ที่ถ้ำพระเขาเมือง หรือเขาชัยบุรี มีอายุประมาณ ๖,๕๐๐ - ๔,๒๐๐ ปีมาแล้ว  โบราณวัตถุในระยะต่อมาที่พบอย่างแพร่หลายได้แก่ ขวานหินขัด เครื่องปั้นดินเผาลายเชือกทาบ หม้อสามขา หินดุ หินทุบเปลือกไม้ พบในแหล่งถ้ำและพื้นราบในเกือบทุกพื้นที่ มีอายุอยู่ประมาณ ๔,๐๐๐ - ๒,๐๐๐ ปี
            จากโบราณวัตถุดังกล่าว พอสรุปได้ว่า ท้องถิ่นพัทลุงมีมนุษย์อยู่อาศัยมาแล้วในสมัยก่อนประวัติศาสตร์ ตั้งแต่สมัยหินเก่าสืบต่อมาสมัยหินใหม่ เมื่อประมาณ ๖,๕๐๐ - ๒,๐๐๐ ปี โดยอาศัยอยู่ในถ้ำและบริเวณพื้นราบ
สมัยประวัติศาสตร์
            ประมาณพุทธศตววรรษที่ ๑๒ ถึงปัจจุบัน พัฒนาการทางประวัติศาสตร์ของท้องถิ่นพัทลุง พอจะแบ่งออกได้เป็น ๓ สมัยคือ สมัยสร้างบ้านแปลงเมือง สมัยเก่า และสมัยใหม่
สมัยสร้างบ้านแปลงเมือง  (พุทธศตวรรษที่ ๑๒ - ๒๐)
            สมัยนี้ได้พบโบราณวัตถุจำนวนมากเช่น พระพิมพ์ดินดิบ พระพุทธรูป ใบเสมาหินทรายแดง พระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวรสำริด เครื่องถ้วยจีน ในบริเวณโบราณสถานถ้ำเขาอกทะลุ ถ้ำเขาคูหาสวรรค์ เขาเมืองหรือเขาชัยบุรี วัดภูผาภิมุข และวัดป่าขอม ในเขตอำเภอเมือง ฯ บริเวณหนึ่ง และบริเวณวัดเขียนบางแก้ว อำเภอเขาชัยสนอีกบริเวณหนึ่ง นอกจากนั้นยังพบร่องรอยเนินดินที่มีคูน้ำ และกำแพงดินล้อมรอบที่บ้านควนแร่ ตำบลควนมะพร้าว อำเภอเมือง ฯ
            จากโบราณวัตกถุที่พบดังกล่าว แสดงให้เห็นว่าบริเวณดังกล่าวมีชุมชนพุทธศาสนาฝ่ายมหายานกระจายอยู่ทั่วไป โดยเฉพาะบริเวณวัดเขียนบางแก้ว มีทั้งร่องรอยโบราณสถานและโบราณวัตถุ กับหลักฐานเอกสารที่แสดงให้เห็นว่า เป็นบ้านเมืองอยู่ร่วมสมัย และเวลาไล่เลี่ยกันกับเมืองสทิงพระ และวัดพะโคะ บนเกาะสทิงพระ หรือเกาะใหญ่ ซึ่งชาวบ้านเรียกกันมาช้านานแล้วว่า แผ่นดินบก
            ที่ส่วยช้างเมืองสทิงพระ  หลักฐานเอกสารที่แสดงถึงการพัฒนาการทางประวัติศาสตร์คือ ตำนานนางเลือดขาว ซึ่งนับได้ว่าเป็นพงศาวดารเมืองพัทลุง สามารถตรวจสอบจากโบราณวัตถุโบราณสถานแหละเอกสารอื่น ๆ พอสรุปความได้ว่า เมืองสทิงพระหรือเมืองพาราณสี เป็นเมืองสำคัญที่เกิดขึ้นบนเกาะใหญ่ หรือฝั่งตะวันออกของทะเลสาบสงขลา ได้รับวัฒนธรรมจากอินเดียและจีนมาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๒ - ๑๕ ช่วงแรกเป็นชุมชนที่นับถือศาสนาฮินดู ต่อมาได้เปลี่ยนเป็นพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน เจริญรุ่งเรืองขึ้นเป็นเมืองสทิงพระเมื่อประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๕ - ๑๙ มีฐานะเป็นเมืองท่าค้าขายนานาชาติ และเป็นเมืองศูนย์กลางการปกครองที่มีอำนาจเหนือชุมชนต่าง ๆ ในบริเวณ โดยมีเจ้าเมืองที่สำคัญที่สำคัญได้แก่ เจ้าพระยากรุงสทิงพาราณสี หรือเจ้าพระกรุงทอง ผู้สร้างวัดพระธาตุ และมหาธาตุเจดีย์ ส่วนชายฝั่งทะเลด้านตะวันตกของทะเลสาบสงขลา บริเวณบ้านพระเกิด ตำบลฝาละมี อำเภอปากพะยูน เป็นที่ส่วยช้างของเมืองสทิงพระมี หมอสดำ หมอเฒ่า นายกองช้างจับช้างส่งให้เจ้าพระยากรุงทองทุกปี
            หนึ่งในเมืองสิบสองนักษัตร  เมื่อประมาณปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๙ เกิดการเปลี่ยนแปลงทางสังคม และการเมืองขึ้นในบรรดาเมืองต่าง ๆ ตั้งแต่เมืองนครศรีธรรมราชจนถึงเมืองสทิงพระ ในพงศาวดารเมืองนครศรีธรรมราชกล่าวว่า เป็นการสิ้นวงศ์กษัตริย์เป็นเหตุให้กษัตริย์จากเมืองเพชรบุรี ส่งขุนนางมาฟื้นฟูเมืองนครศรีธรรมราช ส่วนเมืองสทิงพระก็ถูกโจรสลัดมลายูจากชวาและสุมาตรา เข้ามาปล้นสะดมหลายครั้งจึงเสื่อมลงอย่างรวดเร็ว ขณะเดียวกันชุมชนชายฝั่งทะเลฝั่งตรงข้ามกับเกาะใหญ่ ตำแหน่งนายกองช้างตกมาเป็นกุมารกับนางเลือดขาว ทั้งสองคนได้อพยพสมัครพรรคพวกจากชุมชนบ้านพระเกิด ไปตั้งเมืองที่บางแก้ว พร้อมกับสร้างวิหารและพระพุทธรูปขึ้นที่วัดเขียน วัดสทิง และวัดสทิงพระ เมืองพัทลุง ในระยะแรก ประมาณพุทธศตวรรษที่ ๒๐ จึงขึ้นกับเมืองสทิงพระ และอยู่ภายใต้การควบคุมของเมืองนครศรีธรรมราช ในฐานะเมืองบริวารระบบเมืองสิบสองนักษัตร เป็นเมืองปีมะเส็งถือตรางูเล็ก เมืองกรุงศรีอยุธยาแผ่อำนาจลงมาทางใต้ได้รวบรวมเอาเมืองนครศรีธรรมราชไว้ในอำนาจ โดยยกเป็นหัวเมืองชั้นเอกทางฝ่ายใต้ ให้ปกครองดูแลหัวเมืองฝ่ายนี้ทั้งหมด ในส่วนของเมืองพัทลุง ได้ยกขึ้นเป็นเมืองตรีขึ้นตรงต่อกรุงศรีอยุธยา ศูนย์อำนาจบนเกาะใหญ่ และบริเวณใกล้เคียง จึงปลี่ยนแปลงไปจากเมืองสทิงพระ ไปอยู่ที่เมืองพัทลุงบางแล้ว เมืองสทิงพระเปลี่ยนเป็นเมืองบริวารของเมืองพัทลุงตลอดสมัยอยุธยา และพอสันนิษฐานได้ว่า ชื่อเมืองพัทลุง ในระยะแรกมาจากคำว่า ตะลุง ในภาษาพื้นเมือง แปลว่า เสาล่ามช้าง ไม้หลักผูกช้าง
            ความสำคัญในการสร้างบ้านแปลงเมืองในบริเวณดังกล่าวไม่ได้อยู่ที่จะต้องมีการกำหนดตำแหน่งเมือง ให้เป็นหลักแหล่งถาวร เพื่อให้เป็นศูนย์กลางการปกครอง และการป้องกันข้าศึก แต่อยู่ที่การสร้างวัดและชุมชนหมู่บ้านเป็นสิ่งสำคัญ เนื่องจากผู้คนที่เข้ามาตั้งหลักแหล่งในระยะหลัง ๆ มีความหลากหลายทางด้านเผ่าพันธุ์ กระจายกันอยู่ตามที่ต่าง ๆ ในลักษณะที่เป็นชุมชนเล็กใหญ่สลับกันไป ยากแก่การปกครองให้อยู่ในระบบที่มีเมืองใดเมืองหนึ่ง เป็นศูนย์กลางได้ เมืองใหญ่อย่างนครศรีธรรมราช จึงต้องหันมาพึ่งพิงศาสนา เป็นกลไกสำคัญในการปกครอง โดยจัดตั้งวัดขึ้นสองระดับคือ วัดที่เป็นศูนย์กลางอันเป็นที่สถิตของพระสังฆราชา หรือพระเถระชั้นผู้ใหญ่ ที่มีอำนาจปกครองวัดใหญ่น้อย ตามชุมชนบ้านเมืองต่าง ๆ ระดับหนึ่งกับอีกระดับหนึ่ง เป็นวัดประจำชุมชนในท้องถิ่น เพื่อให้ชุมชนกลายมาเป็นพวกเดียวกัน นับถือพระพุทธศาสนาและมีกิจกรรมร่วมกันทั้งทางเศรษฐกิจและสังคม วัดใหญ่ในระดับที่มีหน้าที่สำคัญ ในการปกครองวัดตามชุมชนในระยะแรกคือ วัดเขียนบางแก้ว เป็นที่สถิตของพระคุณเจ้าคณะฝ่ายลังกาแก้ว อันเป็นพระสงฆ์คณะหนึ่ง ในสี่คณะที่ขึ้นตรงต่อวัดพระบรมธาตุ เมืองนครศรีธรรมราช
    สมัยเก่า (พุทธศตวรรษที่ ๒๐ ถึงกลางพุทธศตวรรที่ ๒๕)
            สมัยนี้เป็นระยะที่เมืองพัทลุง มีการย้ายที่ตั้งเมืองมากที่สุดเมืองหนึ่งในภาคใต้ คือ จากบางแก้วไปอยู่ที่บ้านควนแร่  เขาเมือง ท่าเสม็ด บ้านควนมะพร้าว หรือพญาขัน บ้านม่วง โคกสูง ศาลาโตะวัก และฝั่งเหนือคลองลำปำ ตามลำดับ ส่วนใหญ่จะเป็นการย้ายจวนเจ้าเมืองมากกว่าการย้ายตัวเมืองจริง ๆ เป็นการปกครองในระบบกินเมือง โดยเจ้าเมืองมีอำนาจเก็บภาษีใช้ไพร่และเก็บเงินค่าราชการจากไพร่ มีสิทธิในการลงโทษเจ้าเมืองและกรมการเมืองมักเป็นญาติกัน ราชธานีไม่ได้มีสิทธิในการแต่งตั้งเจ้าเมือง ตามที่ควรจะเป็นเพราะเจ้าเมืองเหล่านี้มักมีอยู่แล้ว ราชธานีเป็นเพียงยอมรับอำนาจเจ้าเมือง ส่วนกรมการเมือง ราชธานีก็จะต้องแต่งตั้งตามข้อเสนอของเจ้าเมือง ช่วงนี้จึงเป็นช่วงที่วัฒนธรรมภายในของชุมชนแข็งแกร่ง
            เรื่องราวในช่วงนี้ มีหลักฐานอยู่มาก ทั้งโบราณสถาน โบราณวัตถุ พงศาวดาร ตำนาน และเอกสารอื่น ๆ ในท้องถิ่น พัฒนาการในช่วงนี้ พอจะแบ่งออกได้เป็น ๒ ระยะคือ
            สมัยเก่าระยะแรก : เมืองปลายแดนใต้สุด  เมื่อมีการปฎิรูปการปกครองในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ปลายพุทธศตวรรษที่ ๒๐ ชื่อเมืองพัทลุงปรากฎอยู่ในพระไอยการตำแหน่งนาทหารหัวเมือง มีฐานะเป็นเมืองตรี เช่นเดียวกับเมืองไชยา และเมืองชุมพร เจ้าเมืองถือศักดินา ๕,๐๐๐ ในขณะที่เจ้าเมืองนครศรีธรรมราช ซึ่งเป็นเมืองชั้นเอกของฝ่ายใต้ถือศักดินา ๑๐,๐๐๐ อิทธิพลทางการเมืองของกรุงศรีอยุธยาในเมืองพัทลุง มีอยู่อย่างมั่นคงเป็นเพียงบางครั้งกรุงศรีอยุธยา ไม่สามารถแต่งตั้งเจ้าเมือง จากราชธานีให้มาปกครองเมืองพัทลุงได้อย่างต่อเนื่อง เพราะว่าได้มีกลุ่มอำนาจอื่น ๆ ผลัดกันเข้าไปมีอิทธิพลอยู่ในเมืองพัทลุงด้วย กลุ่มอำนาจเหล่านี้คือ เมืองนครศรีธรรมราช และกลุ่มพ่อค้าชาวต่างชาติ ที่นับถือศาสนาอิสลาม
                - สงขลาหัวเขาแดง : เมืองใหม่แทรกซ้อน  เมื่อประมาณพุทธศตวรรษที่ ๒๑ - ๒๒  หัวเมืองฝ่ายใต้นับตั้งแต่เมืองไชยา เมืองนครศรีธรรมราช จนถึงเมืองพัทลุง มักถูกรุกรานและคุกคามจากโจรสลัดมลายูอยู่เนือง ๆ ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจ และการเมืองขึ้น อันเนื่องมาจากการค้าขายทางทะเลที่มีพ่อค้านานาชาติผ่านเข้ามา ทำให้เกิดเมืองท่าใหม่ ๆ ขึ้นหลายแห่ง รวมทั้งเมืองที่มีมาแล้วแต่เดิม เช่น นครศรีธรรมราช ปัตตานีและเมืองอื่น ๆ  เมืองใหม่ที่เกิดขึ้นในช่วงเวลานี้คือเมืองสงขลา บริเวณ
หัวเขาแดง บนเกาะใหญ่ เป็นเมืองที่พ่อค้าชาวอาหรับเข้ามาตั้งถิ่นฐานเป็นสถานที่พักสินค้า ต่อมาได้รับการสนับสนุนจากพ่อค้าชาวยุโรป เช่น อังกฤษ ฝรั่งเศส ฮอลันดาและโปรตุเกส ให้เป็นเมืองท่า มีการสร้างป้อมปราการด้วยอิฐและหินอย่างมั่นคง แต่เดิมบริเวณนี้เป็นที่ชายเขตของเมืองสทิงพระ
            สถานีพักสินค้า ณ หัวเขาแดงได้ขยายตัวขึ้นเป็นเมือง มีการสร้างกำแพงเมือง ป้อมปราการและคูเมืองครบครัน แล้วขยายเขตปกครอง มายังบริเวณพื้นที่ว่างเปล่า บนเกาะใหญ่ และบนชายฝั่งทะเลที่อยู่ระหว่างเขตเมืองปัตตานีและเมืองพัทลุงด้วย ด้วยเหตุนี้ในช่วงปลายพุทธศตวรรษที่ ๒๑ ถึงต้นพุทธศตวรรษที่ ๒๒ จึงเกิดเมืองสงขลาเป็นเมืองใหม่แทรกซ้อนอยู่ระหว่างเขตเมืองพัทลุงที่ บางแก้ว ซึ่งเป็นเขตขัณฑสีมาของกรุงศรีอยุธยา กับเมืองปัตตานี ที่เป็นเมืองประเทศราชของกรุงศรีอยุธยา
            กลุ่มชนที่เป็นชาวต่างชาติเข้ามาตั้งหลักแหล่งในเขตเมืองสงขลา มีอยู่สองพวกใหญ่ ๆ คือ ชาวเปอร์เซีย หรืออาหรับ ส่วนใหญ่อยู่บนเกาะใหญ่พวกหนึ่ง อีกพวกหนึ่งเป็นชาวจีน นิยมมาตั้งถิ่นฐานอยู่ทางฝั่งทะเล บริเวณตัวเมืองสงขลา ในปัจจุบันจดหมายเหตุชาวอังกฤษ เรียกเมืองสงขลาว่า ซิงโคร่า มีดะโต๊ะโมกอล ผู้เป็นข้าหลวงพระเจ้ากรุงสยามปกครอง
            เมื่อเกิดมีชาวอาหรับเข้ามาตั้งถิ่นฐาน และสร้างเมืองสงขลาขึ้น โดยยอมเข้าเป็นส่วนหนึ่งในราชอาณาจักรอยุธยา จึงมีส่วนในการป้องกันภัยจากโจรสลัดมลายู เพราะชาวอาหรับถึงแม้จะนับถือศาสนาอิสลามเช่นเดียวกับโจรมลายู แต่ก็เป็นพวกพ่อค้าที่จะต้องรักษาผลประโยชน์ของตนไว้
            พวกมลายูยังมีอำนาจในบริเวณชายทะเลส่วนนี้ เนื่องจากปัตตานีเป็นเมืองสำคัญของคนมลายู และนับเป็นเมืองแรกที่เปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลาม ทางกรุงศรีอยุธยาใช้เมืองนครศรีธรรมราช ในการควบคุมเมืองมลายู ทั้งปัตตานี และไทรบุรี
            ในปี พ.ศ.๒๑๗๓ เมืองปัตตานีได้ทำสงครามกับกรุงศรีอยุธยา นครศรีธรรมราช สงขลาและพัทลุง ผลของสงครามทำให้การค้าของภูมิภาคนี้ต้องชะงักไป บ้านเมืองประสบความเสียหาย
            ในปี พ.ศ.๒๑๘๙ เมืองสงขลาร่วมมือกับเมืองไทรบุรีเข้ายึดเมืองพัทลุงได้รับความเสียหาย ผู้คนล้มตายและหนีภัยไปเป็นจำนวนมาก
            ในปี พ.ศ.๒๑๙๒ เมืองสงขลาขยายอำนาจโดยรวมปัตตานีและพัทลุง เข้ายึดเมืองนครศรีธรรมราชไปถึงเมืองไชยา
            ในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๒๑ - ๒๒ ทางกรุงศรีอยุธยาได้หาทางป้องกันโจรสลัดด้วยการให้ความสำคัญแก่วัดและคณะสงฆ์เพิ่มขึ้นกว่าเดิม โดยกำหนดให้วัดเขียนบางแก้ว ซึ่งเป็นที่สถิตของพระครูเจ้าคณะฝ่ายลังกาแก้วปกครองวัด และชุมชนทางด้านชายทะเล ส่วนทางเกาะใหญ่ก็กำหนดให้วัดพะโคะ ในเขตเมืองสทิงพระเป็นศูนย์กลาง ให้อยู่ภายใต้การดูแลของเจ้าคณะฝ่ายลังกาชาติ บริเวณวัดพะโคะเรียกว่าเมืองพะโต๊ะ พระเถระผู้ใหญ่ที่ปกครอง มีอำนาจในการเกณฑ์ผู้คนจากชุมชนต่าง ๆ มาต่อสู้ป้องกันการรุกรานของพวกโจรสลัด และศัตรูจากภายนอก บรรดาที่ดินที่เป็นชุมชน และที่ทำกิน ตลอดจนป่าเขาทั้งหลายบนเกาะใหญ่ เป็นกรรมสิทธิ์ของวัดผู้คนที่ตั้งหลักแหล่งล้วนเป็นข้าพระทั้งสิ้น ตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดพะโคะ มีฐานันดรศักดิ์เป็นสมเด็จพระราชมุนี
            ทางชายฝั่งทะเลตรงข้าม สมเด็จพระราชมุนีก็มีบทบาทในการสร้างวัดคูหาสวรรค์  ส่วนที่วัดเขียนบางแก้ว คณะสงฆ์คงมีความสำคัญอยู่ แต่คงไม่ได้ครอบคลุมไปถึงการปกครองผู้คนอย่างวัดพะโคะ เพราะเป็นหน้าที่ของเจ้าเมืองพัทลุง ในช่วงเวลานี้เมืองพัทลุงคงเปลี่ยนมาอยู่ที่บ้านควนแร่ ตำบลควนมะพร้าว เหนือตำบลบางแก้วขึ้นมา ปรากฏร่องรอยเนินดิน มีคูน้ำและกำแพงดินอยู่สองแห่ง มีวัดและพระเจดีย์สมัยอยุธยา
            หลังรัชสมัยพระเจ้าปราสาททอง ความตึงเครียดระหว่างเมืองสงขลากับกรุงศรีอยุธยาผ่อนคลายลง ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ ฯ ได้พยายามดึงเมืองสำคัญคือ เมืองนครศรีธรรมราช และเมืองพัทลุง ให้กลับมาเป็นส่วนหนึ่งของราชอาณาจักรดังเดิม โดยสนับสนุนบรรดาเจ้าเมืองที่นับถือศาสนาอิสลามให้เป็นเจ้าเมืองสืบต่อเนื่องกัน
            การขยายอำนาจของสงขลานำไปสู่การขัดแย้งกับปัตตานีจนเกิดการทำสงครามยืดเยื้อ ตั้งแต่ก่อนปี พ.ศ.๒๒๑๔ ถึงปี พ.ศ.๒๒๒๑ แต่ยังไม่อาจเอาชนะกันได้ โดยมีชาวต่างชาติมีส่วนร่วมให้การสนับสนุนอยู่ ต่อมาทางกรุงศรีอยุธยาได้ส่งกองทัพไปปราบเมืองสงขลาเพื่อยุติสงครามระหว่างสงขลากับปัตตานี และเพื่อดึงเอาเมืองสงขลา มารวมอยู่ใต้อาณาจักรดังเดิม ฝ่ายเมืองสงขลามีอังกฤษช่วย ทางกรุงศรีอยุธยาได้ฝรั่งเศสและฮอลันดาช่วย เมื่อตีเมืองสงขลาที่หัวเขาแดงได้แล้ว ในระหว่างปี พ.ศ.๒๒๒๓ - ๒๒๓๐ เชื่อกันว่าสมเด็จพระนารายณ์ ฯ ได้ทรงนำตัวกลุ่มเจ้าเมืองสงขลา รวมทั้งเจ้าเมืองพัทลุง ซึ่งเป็นน้องชายของเจ้าเมืองสงขลา ไปควบคุมไว้ที่กรุงศรีอยุธยา นับเป็นการสิ้นสุดอำนาจของเมืองสำคัญที่เปรียบเหมือนรัฐอิสระ และเป็นการสิ้นสุดอำนาจของพวกอิสลาม ที่มีอิทธิพลเหนือดินแดน ที่คลุมพื้นที่เขตจังหวัดสงขลา พัทลุง ตรัง นครศรีธรรมราช และสุราษฎร์ธานีไปในระดับหนึ่ง