หลักฐานที่สำคัญคือได้หขุดพบรอบพระพุทธบาทคู่บนพื้นศิลาแลงธรรมชาติ กว้างยาวประมาณ สามเมตรเศษ เป็นรอยพระพุทธบาทที่สลักเลียนแบบเท้ามนุษย์ มีรูปธรรมจักรอยู่ทั้งสองข้าง ตามจารึกเนิน สระบัว หรือจารึกคาถากระทะน้ำมัน  ซึ่งท่านพุทธศิริให้ทำการจารึกพร้อมทั้งพระบาทคู่  ซึ่งน่าจะหมายถึง
รอยพระพุทธบาทแห่งนี้  จารึกเนินสระบัว ราหูมหาศักราช ๖๘๓ ตรงกับปี พ.ศ.๑๓๐๔ พบที่เนินสระบัวใกล้ รอยพระพุทธบาทคู่ เป็นตัวอักษรหรือปัลลวะ เขียนเป็นภาษาเขมรโบราณและภาษาบาลี เนื้อหาของจารึกเป็นการสรรเสริญคุณพระรัตนตรัย

            ช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๗ - ๑๙  ผู้คนในเขตเมืองโบราณศรีมโหสถยังคงอยู่อาศัยสืบเนื่องมา ตั้งแต่ครั้งสมัยทวารวดี มีการรายกลุ่มเป็นสังคมเมืองที่มีคูน้ำกับดินล้อมรอบ มีศาสนสถาน มีเนินดินที่อยู่อาศัย มีบ่อน้ำสระน้ำทั้งบริเวณในเมือง และนอกเมืองรวมแล้วมากกว่า ๕๓๘ แห่ง
            ในการก่อสร้างสิ่งก่อสร้างขนาดใหญ่ เช่น ศาสนสถาน ถนนโบราณ คูเมือง และกำแพงเมือง ต้องใช้แรงงานคนเป็นจำนวนมาก เป็นลักษณะสังคมที่มีหัวหน้าปกครองคล้ายรัฐขนาดเล็ก เช่น เมืองโบราณ บ้านโคกขวาง อำเภอศรีมหาโพธิ  เมืองดงละคร อำเภอเมืองนครนายก โดยมีเมืองศรีมโหสถเป็นศูนย์กลาง มีการรับวัฒนธรรมเขมรมาโดยตลอด
            ในเขตพื้นที่จังหวัดปราจีนบุรี ได้พบหลักฐานหลักฐานทางโบราณคดีที่มีอายุร่วมสมัยกับพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ เช่น จารึกบนเครื่องสำริดหลายชิ้น เขียนด้วยอักษร และภาษาเขมรโบราณ ระบุศักราชอยู่ในต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๘ บริเวณโบราณสถานสระมรกต อำเภอศรีมหสถ พบซากอาคารจึง สันนิษฐานว่า เป็นอโรคยาศาลา หรือโรงพยาบาล ที่พบอยู่เป็นจำนวนมากในภาคอีสานของไทย และในกัมพูชา ซึ่งเป็นสิ่งก่อสร้างที่พระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ ให้สร้างขึ้น
           ภายในบริเวณโบราณสถานสระมรกต  มีตัวโบราณสถานอยู่สองกลุ่มในบริเวณเดียวกัน กลุ่มแรก อยู่ทางทิศตะวันตก เป็นอาคารกลุ่มรอบพระพุทธบาท กลุ่มที่สองอยู่ทางด้านทิศตะวันออกเป็นอาคาร แบบปราสาทเขมรโบราณ ก่อด้วยศิลาแลง ลักษณะแผนผังเหมือนอโรคยาศาลา มีสระน้ำขนาดใหญ่อยู่ทางทิศตะวันออก ทางด้านทิศตะวันตกของสระน้ำมีทางเดินไปสู่โบราณสถาน ทางด้านทิศตะวันตก ก่อนถึงตัวกำแพงแก้ว รอบโบราณสถาน มีสระน้ำ รูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าล้องรอบตัวอาคาร ถัดเข้าไปเป็นกลุ่มปรางค์ประธาน ประกอบด้วยอาคารที่มีแผนผังเป็นรูปกากบาทสองหลัดเชื่อมต่อกันในแนวทิศตะวันออก - ตะวันตก  ด้านซ้ายมือมีอาคารรูปสี่เหลี่ยมขนาดเล็ก เป็นลักษณะของบรรณาลัย หรือห้องสมุด ใช้เก็บหนังสือตำรายา นอกจากนี้ยังมีอาคารสี่เหลี่ยมขนาดเล็ก อยู่ทางด้านทิศตะวันออกเฉียงใต้ของปรางค์ประธาน  ปัจจุบันโบราณสถานแห่งนี้ เหลืออยู่เพียงบางส่วน
            ส่วนโบราณสถานที่พบบริเวณโบราณสถานสระมรกด  เป็นประติมากรรมมีลักษณะเป็นศิลปะขอมระบบบายน มีอายุประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๗ - ๑๘ ส่วนใหญ่เป็นพระพุทธรูปปางนาคปรกพระโพธิสัตว์ และรูปนางดารา  ซึ่งเป็นรูปเคารพในพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน ที่ได้รับการอุปถัมภ์จากกษัตริย์เขมรในขณะนั้น
            มีการพบเครื่องเคลือบจีนสมัยราชวงค์หยวน ราชวงศ์หมิง และราชวงศ์ชิง มีเครื่องเคลือบจากบุรีรัมภ์ แผ่นตะกั่วม้วน และตะกั่วนม หลักฐานที่พบในชั้นดินตอนบนส่วนนี้กำหนดอายุได้ตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๗ เป็นต้นมาถึงปัจจุบัน
            สินค้าที่นำเข้าได้แก่ ดีบุก ตะกั่ว นำมาผสมทองแดง เพื่อทำสำริดเครื่องถ้วยจีน และเครื่องถ้วยเปอร์เซียเป็นต้น ส่วนสินค้าส่งออก สันนิษฐานว่า เป็นผลิตผลทางเกษตรของป่า และประติมากรรมจากหิน  โดยมีการพบแหล่งผลิตประติมากรรมและเครื่องมือที่เขาด้วน ตำบลย่านรี อำเภอกบินทร์บุรี และยังพบเงินสกุลจีนสมัยราชวงศ์ ซึ่งใช้กันมาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๒ - ๑๕ และอาจตกทอดมาถึงชั้นหลังอีก นอกจากนี้ยังมีเงินทวารวดีเป็นภาพพระอาทิตย์ และภาพศรีวัตตะอีกด้วย
            ห่างจากคูเมืองศรีมโหสถ ออกมาทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ ประมาณ ๕๐๐ เมตร มีร่องรอยคันดินคูเมืองรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้างประมาณ ๒๔๐ เมตร ยาวประมาณ ๓๙๐ เมตร ลักษณะคล้ายเมืองขนาดเล็ก สันนิษฐานว่า สร้างขึ้นประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๖ - ๑๘
 หลังจากรัชสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ เป็นต้น อาณาจักรเขมรโบราณเริ่มเสื่อมอำนาจลง และล่มสลายไปในที่สุด และได้เกิดกลุ่มบ้านเมืองขึ้นในดินแดนประเทศไทย ในพุทธศตวรรษที่ ๑๙ อันได้แก่ อาณาจักรอยุธยา ในบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาทางภาคกลางของประเทศ ในปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๙
            ในสมัยสุโขทัยไม่ปรากฏชื่อเมืองปราจีนบุรีในเอกสาร แต่ได้พบเครื่องถ้วยจีนที่มีอายุในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๘ - ๑๙ ซึ่งตรงกับสมัยราชวงศ์ซ้อง จึงเชื่อว่าในสมัยสุโขทัย บริเวณพื้นที่ในเขตจังหวัดปราจีนบุรี มีผู้อาศัยอยู่สืบเนื่องกันมา
สมัยอยุธยา - ธนบุรี
            ในสมัยอยุธยา ปรากฏชื่อเมืองปราจีนเป็นครั้งแรก คำว่าปราจีนหมายถึง เมืองตะวันออก แต่การเขียนชื่อเมืองมีแตกต่างกันออกไป เช่น ปราจินบุรี ปราจีณบุรี และปราจีนบุรี นอกจากนี้ยังมีคำว่า ประจินบุรี ซึ่งหมายถึงเมืองตะวันตก คือ เมืองตะวันตกของอาณาจักรเขมร
           ปราจีนบุรีในฐานะหัวเมืองชั้นในด้านตะวันออก  ก่อนรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ. ๑๙๙๑ - ๒๐๓๑) เมืองปราจีน มีฐานะเป็นเมืองเล็กที่อยู่ใกล้ราชธานีคือ กรุงศรีอยุธยา  ทางกรุงศรีอยุธยาจะส่งขุนนางไปปกครองโดยให้ขึ้นตรงต่อราชธานี
            หลังจากมีการปฏิบัติการปกครองในรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ ได้มีการแบ่งการปกครองเป็นหัวเมืองชั้นใน หัวเมืองชั้นนอกและหัวเมืองประเทศราช และแบ่งหัวเมืองออกเป็นชั้นเอก ชั้นโท และชั้นจัตวา  และได้ลดฐานะหัวเมืองชั้นในคือ เมืองลูกหลวงและเมืองหลานหลวง แต่เดิมมาเป็นเมืองจัตวา ภายใต้การปกครองของราชธานี โดยส่งขุนนางไปปกครอง และให้ขึ้นตรงต่อเมืองมาก เขตที่จัดเป็นหัวเมืองชั้นในคือ  ทิศตะวันตกจดเมืองสุพรรณบุรี เมืองปราจีนบุรี ตามที่ระบุไว้ในพระไอยการตำแหน่งนาทหารหัวเมือง ตำแหน่งเจ้าเมืองหรือผู้รั้ง มีบรรดาศักดิ์และราชทินนามที่ออกพระอุไทยธานี
            สมเด็จ ฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงสันนิษฐานว่า เมืองปราจีนบุรีเป็นหัวเมืองชั้นใน สมัยอยุธยามาตั้งแต่แผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ (พระเจ้าอู่ทอง) เนื่องจากพระเจ้าอู่ทองนำแบบแผนวิธีปกครองของกรุงสุโขทัย และของขอมมาปรับปรุงใช้ในการปกครองกรุงศรีอยุธยา พระนครศรีอยุธยามีเมืองป้อมปราการด่านชั้นใน สำหรับป้องกันราชธานีทั้งสี่ทิศ คือ ทิศเหนือ เมืองลพบุรี ทิศตะวันออก เมืองนครนายก ทิศใต้ เมืองพระประแดง และทิศตะวันตก เมืองสุพรรณบุรี
            ปราจีนบุรีเมืองผ่านของเส้นทางเดินทัพไทย - กัมพูชา  จากที่ตั้งของเมืองปราจีนบุรี เมื่อเกิดศึกสงครามระหว่างอาณาจักรอยุธยากับอาณาจักรกัมพูชา เมื่อกรุงศรีอยุธยามีศึกติดพันกับพม่า หรือเกิดความอ่อนแอกัมพูชาจะถือโอกาสมากวาดต้อนผู้คนตามชายแดน เช่น เมืองปราจีนบุรี จนมาถึงรัชสมัยสมเด็จพระนเรศวร ฯ พระองค์ได้ตรัสแก่มุขอำมาตย์ลำดับพฤติกรรมของผู้ครองแผ่นดินกับพูชา ตั้งแต่พระยาละแวกบิดานักพระสุโทนักพระสุทัน เมื่อครั้งศึกกรุงหงสาวดีครั้งแรก พระยาละแวกได้ยกทัพเข้ามากวาดเอาผู้คนชาวเมืองปราจีนไป จนต้องยกทัพไปปราบ จนต้องถวายนักพระสุโทนักพระสุทันเข้ามากรุงศรีอยุธยา ต่อมานักพระสัฏฐาผู้น้องไปเอาทัพญวนมาฆ่าพระยาละแวก แล้วได้ราชสมบัติเป็นพระยาละแวกองค์ใหม่ และได้ยกทัพเข้ามาถึงวัดสามวิหาร ในรัชสมัยสมเด็จพระมหาธรรมราชา จนเสียพระจำปาราชลูกชาย แต่ยังไม่เข็ดหลาบ เมื่อมีศึกหงสาวดีติดพระนครครั้งใด ฝ่ายไทยพระมหาธรรมราชา มิได้มีพระทัยอาฆาต จนได้มีการปันเขตแดนปักศิลาจารึก ครั้งศึกเชียงใหม่ยกมา พระยาละแวกได้แต่งน้องชายมาช่วยงานพระราชสงคราม แต่กลับยกทัพมาตีประจันตชนบทมามาบัดนี้ พระองค์จะยกไปแก้แค้น แล้วให้เกณฑ์ทัพมีกำลังคนสิบหมื่น ช้างเครื่องแปดร้อย ม้าพันห้าร้อย ยกทัพไปตีกัมพูชา
            เส้นทางเดินทัพในสมัยอยุธยาตอนต้น จะใช้เส้นทางบกเป็นสำคัญ โดยเดินทัพไปทางด้านตะวันออก เพื่อเข้าตีกัมพูชา ส่วนเส้นทางเดินทัพสมัยอยุธยาตอนกลาง และตอนปลาย จะใช้ทั้งเส้นทางบก และเส้นทางน้ำ เส้นทางบกจากกรุงศรีอยุธยาไปทางด้านทิศตะวันออก เส้นทางเดินทัพจะผ่านพิหานแดง (พิหารแดง) บ้านนา เมืองนครนายก ด่านกบแจะ (เมืองประจันตคาม) ด่านหนุมาน (กบินทร์บุรี) ด่านพระปรุง (อำเภอเมืองสระแก้ว) ช่องตะโก ด่านพระจารึก (อรัญประเทศ - ตาพระยา) ตำบลทำนบ ซึ่งอยู่ระหว่างเมืองอรัญประเทศ และเมืองพระตะบอง ตำบลพะเนียด เมืองพระตะบอง (ปัตบอง) เมืองโพธิสัตว์ และเมืองละแวก
            ในแผนที่ยุทธศาสตร์ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช เส้นทางตะวันออกคือ จากกรุงเก่าไปบ่อโพง พระแก้ว พิหารทอง บ้านนา เมืองนครนายก เมืองปราจีน เมืองใหม่ ด่านหนุมาน ช่องตะโก ด่านพระปาง ยางเก้าต้น หนองสะโม่ง ด่านพระจารึก
สมัยรัตนโกสินทร์
            ในรัชสมัยโกสินทร์ตอนต้น เมืองปราจีนบุรี ยังคงเป็นเมืองผ่านของเส้นทางเดินทัพระหว่างไทยกับกัมพูชา มีผู้คนอาศัยมากขึ้น ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ตั้งเมืองขึ้นหลายเมือง เช่น เมืองกบินทร์บุรี เมืองอรัญประเทศ และเมืองวัฒนานคร เป็นต้น และโปรดเกล้า ฯ  ให้ขุดคลองบางนาก ทำให้การติดต่อระหว่างเมืองปราจีน และกรุงเทพ ฯ สะดวกรวดเร็วขึ้น
            ในปลายรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีพระราชดำริที่จะสร้างป้อมปราจีนบุรี แต่ได้ลงมือก่อสร้างและแล้วเสร็จ ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ซึ่งเป็นห้วงเวลาที่เมืองปราจีนบุรีเริ่มมีความสำคัญมากยิ่งขึ้น และเมื่อมีการปฏิรูปการปกครอง จากระบบกินเมืองเป็นระบบเทศาภืบาล ได้ใช้เมืองปราจีนบุรี เป็นที่ว่าการมณฑลปราจีนบุรี ทำให้เมืองปราจีนบุรีเป็นศูนย์กลางความเจริญในภาคตะวันออก
           สมัยรัตนโกสินทร๋ตอนต้น  ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ปราจีนบุรีมีฐานะเป็นหัวเมืองชั้นใน เช่นเดียวกับสมัยอยุธยา เป็นหัวเมืองจัตวา เจ้าเมืองเป็นที่ออกพระอุทัยธานี ถือศักดินา ๓,๐๐๐ ขึ้นกรมมหาดไทย มีเมืองกระยินบุรีและเมืองประจันตคาม เป็นเมืองขึ้น ต่อมาบรรดาศักดิ์และราชทินนามเจ้าเมืองปราจีนเปลี่ยนไปเป็น พระอุไทยมนตรี แต่ชาวปราจีนโดยทั่วไปนิยมเรียกตามชื่อเมืองว่า พระยาปราจีน หรือพระยาปราจิม
            ด้วยเหตุที่ไทยกับกัมพูชาทำสงครามกันอยุ่เป็นประจำ ไทยจึงเป็นต้องมีด่านหน้า เพื่อป้องกันศึกเขมรทางด้านตะวันออกคือ ด่านหนุมาน ไม่ปรากฏหลักฐานว่าตั้งขึ้นแต่เมื่อใด สันนิษฐานว่า เป็นด่านเก่ามีมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ยกด่านหนุมานตั้งเป็นเมืองกบินทร์บุรี นอกจากนั้นยังยกบ้านแจะขึ้นเป็นเมืองประจันตคาม ยกบ้านทุ่งแขยกขึ้นเป็นเมืองวัฒนานคร และยกบ้านสวายเป็นเมืองศรีโสภณ
            เมื่อปี พ.ศ.๒๓๗๖ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้า ฯ ให้เจ้าพระยาบดินทร์เดชา  (สิงห์ สิงหเสนี) ยกทัพไปรบญวน และในปี พ.ศ.๒๓๘๐ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้พระยาศรีพิพัฒน์ ฯ (พัด บุนนาค) เป็นแม่กองจ้างจีนขุดคลองบางขนาก ตั้งแต่หัวหมากไปถึงบางขนาก โดยต้นคลองเรียกว่า คลองแสนแสบ ตอนปลายคลองเรียกว่า คลองบางขนาก ขุดเสร็จ เมื่อปี พ.ศ.๒๓๘๓ เป็นระยะประมาณ ๑,๓๓๘ เส้น คลองบางขนากได้ใช้เป็นเส้นทางลำเลียงยุทโธปกรณ์ เข้าไปรบกับญวนได้สะดวก และรวดเร็วยิ่งขึ้น โดยเริ่มขุดคลองมหานาคไปตามคลองที่ขุดใหม่คือ คลองแสนแสบ คลองบางขนาค แล้วไปออกแม่น้ำบางปะกง ผ่านเมืองปราจีน แล้วไปขึ้นบกที่ต้นน้ำบางปะกง เมื่อเสร็จศึกญวนแล้ว คลองบางขนากก็กลายเป็นเส้นทางคมนาคมทางน้ำของเมืองปราจีน และเมืองใกล้เคียกับกรุงเทพ ฯ