ศาลหลักเมืองฉะเชิงเทรา ในรัชสมัยรัชกาลที่ 3 ระหว่าง พ.ศ. 2376-2390 ไทยกับญวนเกิดข้อพิพาทแย่งชิงอำนาจการปกครองในเขมรจนลุกลามเป็นสงคราม "อานามสยามยุทธ" เมืองฉะเชิงเทราจึงเป็นเมืองหน้าด่านสำคัญในการปกป้องราชธานีจากการรุกรานของญวน พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้กรมหลวงรักษ์รณเรศเป็นแม่กองย้ายที่ว่าการฉะเชิงเทราจากปากแม่น้ำเจ้าโล้มาที่บ้านท่าไข่ ซึ่งอยู่คนละฝั่งแม่น้ำ แขวงเมืองฉะเชิงเทรา ริมแม่น้ำบางปะกงและให้สร้างป้อมกำแพงเมืองขึ้น เพื่อป้องกันศัตรูพร้อมทั้งมีการสร้างเสาหลักเมืองจังหวัดฉะเชิงเทราขึ้นเป็นครั้งแรก ใน พ.ศ. 2377 เชื่อกันว่าเป็นที่สถิตของจิตวิญญาณอันศักดิ์สิทธิ์ เพื่อคุ้มครองบ้านเมืองและประชาราษฎร์ให้พ้นจากภัยสงครามและอันตรายทั้งปวง

ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสาหลักเมืองได้ชำรุด พระยาวิเศษฤาชัย(ช้าง) เจ้าเมืองฉะเชิงเทราพร้อมด้วยพระเกรียงไกรขบวนยุทธ(เสือ) ปลัดเมืองผู้เป็นน้องชายได้ตัดต้นมะค่า วัดรอบได้ 4 กำ ยาว 6 ศอก มาเปลี่ยนแทนเสาหลักเมืองที่ชำรุด พร้อมทั้งมีการบำเพ็ญกุศลและสมโภชในการยกเสาหลักเมือง เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม ร.ศ. 114(พ.ศ. 2438) แต่อาคารศาลหลักเมืองยังมีขนาดเล็กไม่สง่างามสมกับเป็นที่ประดิษฐานตั้งหลักเมืองอันศักดิ์สิทธิ์เป็นที่เคารพบูชาของชาวจังหวัดฉะเชิงเทรา ในพ.ศ. 2540 ได้มีการก่อสร้างเสาหลักเมืองใหม่ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระบรมโอรสาธิราชฯ สยามมกุฎราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ประกอบพิธีสมโภชศาลหลักเมือง เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ. 2542