แต่เดิมบริเวณที่ตั้งวัดเป็นเขตศูนย์กลางเมืองน่านในสมัยที่ย้ายเมืองจากพระบรมธาตุแช่แห้งมาตั้งอยู่ริมฝั่งตะวันตกของแม่น้ำน่าน สถูปเจดีย์สร้างด้วยศิลาแลงในสมัยพระนางจามเทวี มีลักษณะคล้ายเจดีย์กู่กุด จังหวัดลำพูน เป็นทรงซุ้มสี่เหลี่ยมซ้อนกัน 5 ชั้น แต่ละชั้นประดิษฐานพระพุทธรูปยืนซึ่งได้รับอิทธิพลจากศิลปะสุโขทัยดังพบที่สถูปเจดีย์วัดมหาธาตุจังหวัดสุโขทัย ยอดซุ้มก่ออิฐวงโค้งเป็นรูปแบบการก่อสร้างสมัยพระเจ้าติโลกราชแห่งนครเชียงใหม่แสดงให้เห็นว่ามีการบูรณะในสมัยนั้น ซึ่งเป็นสมัยที่อิทธิพลของศิลปะเชียงใหม่ได้เข้ามาแทนที่ศิลปะสุโขทัยแล้ว 

วัดพญาวัด นับเป็น ปูชนียสถาน ที่เก่าแก่ และสำคัญ ของจังหวัดน่าน แห่งหนึ่ง มี เจดีย์จามเทวี หรือ พระธาตุวัดพญาวัด ซึ่งเป็นศิลปะผสมระหว่างล้านนา ล้านช้าง และศิลปะน่าน และ พระพุทธรูปพระเจ้าสายฝน ประดิษฐานอยู่ ภายในพระวิหาร ซึ่งเป็นที่เคารพนับถือ ของชาวบ้าน และมาขอฝน เมื่อเกิดความแห้งแล้ง ฝนไม่ตกตาม ฤดูกาล

 ในพระอุโบสถประดิษฐาน “พระเจ้าฝนแสนห่า” ซึ่งชาวเมืองน่านเคยนำมาแห่ขอฝนให้ตกต้องตามฤดูกาล นอกจากนั้นยังมีธรรมาสน์แกะสลัก ฝีมือช่างพื้นเมืองน่านที่เก่าที่สุดเท่าที่เคยพบ สันนิษฐานว่าสร้างในสมัยเจ้าอัตถวรปัญโญ ราวครึ่งแรกของพุทธศตวรรษที่ 24