สถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล มหาวิทยาลัยบูรพา ตั้งอยู่เลขที่ 169 มหาวิทยาลัยบูรพา ถนนลงหาดบางแสน ตำบลแสนสุข อำเภอเมือง จังหวัดชลบุรีสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเลแห่งนี้ ได้รับการพัฒนาขึ้นมาจาก "พิพิธภัณฑ์สัตว์และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม"  ซึ่งก่อตั้งเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2512 โดยคณะอาจารย์ในภาควิชาชีววิทยา มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ บางแสน  (วิทยาลัยวิชาการศึกษา บางแสนเดิม) เพียง 2-3 คน และคณะนิสิตอีกจำนวนหนึ่ง โดย ดร.บุญถิ่น อัตถากร อดีตอธิบดี กรมการฝึกหัดครู และอดีตปลัดกระทรวงศึกษาธิการ เป็นผู้สนับสนุนการดำเนินการโครงการดังกล่าว

                 พิพิธภัณฑ์สัตว์ และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม ได้รับการพัฒนาขึ้นเป็นลำดับ จนไม่สามารถขยายออกไปได้อีก ทั้งนี้เนื่องจาก ตัวอาคารมีขนาดจำกัด และไม่ได้ออกแบบไว้สำหรับการนี้โดยตรง เพื่อเป็นการขยายกิจการของพิพิธภัณฑ์สัตว์ และสถานเลี้ยงสัตว์น้ำเค็ม  ให้กว้างขวางยิ่งขึ้นกว่าเดิม ทางมหาวิทยาลัยโดยการนำของ ดร.ทวี หอมชง และคณะได้จัดทำโครงการขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลญี่ปุ่น  เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2523 รัฐบาลญี่ปุ่นได้ให้ความช่วยเหลือแบบให้เปล่า ในการจัดตั้งศูนย์วิทยาศาสตร์ทางทะเลเป็นมูลค่า 230 ล้านบาท  โดยเริ่มก่อสร้าง ในวันที่ 1 ธันวาคม 2524 ณ บริเวณด้านหน้าของมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตบางแสน ในเนื้อที่ประมาณ 30 ไร่
สมเด็จ พระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมเสด็จมาทรงวางศิลาฤกษ์ เมื่อวันที่ 23 มีนาคม  พ.ศ. 2525 การก่อสร้างแล้วเสร็จ และมีพิธีมอบให้แก่มหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2526
จากนั้นศูนย์วิทยาศาสตร์ทางทะเล ได้จัดทำโครงการเพื่อยกฐานะเป็นสถาบัน และได้รับอนุมัติให้เป็นสถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล  เมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2528

ปรัชญา

" พัฒนางานวิจัย  ใส่ใจให้บริการ  ประสานความร่วมมือ ยึดถือแนวทางอนุรักษ์  พิทักษ์ทะเลไทย"

ปณิธาน

ผลิตผลงานวิจัยด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล ให้เป็นที่ยอมรับในระดับนานาชาติ
เป็นแกนนำในด้านการอนุรักษ์ และตระหนักถึงการบริการวิชาการแก่สังคมอย่างต่อเนื่อง
มีระบบการบริหารจัดการภายในหน่วยงานที่ดีมีคุณภาพ

วัตถุประสงค์
เพื่อเป็นศูนย์กลางแห่งความเป็นเลิศทางวิชาการด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล แห่งเอเชียตะวันออกเฉียงใต้
เพื่อการพัฒนาการใช้ทรัพยากรทางทะเลและดำเนินการด้านอนุรักษ์ทรัพยากรธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม
ให้บรรลุผลในทางปฎิบัติอย่างแท้จริง
เพื่อเป็นแหล่งค้นคว้าวิจัย เป็นศูนย์กลางการแลกเปลี่ยนนักวิจัยทางด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล และสาขาวิชาที่เกี่ยวข้อง
เพื่อเป็นแหล่งท่องเที่ยว ศึกษาหาความรู้ เป็นสถานฝึกงาน ฝึกอบรมของครู นิสิต นักศึกษา และประชาชนโดยทั่วไป


วิสัยทัศน์
เพื่อให้สถาบันวิทยาศาสตร์ทางทะเล เป็นหน่วยงานที่มีศักยภาพทางด้านวิทยศาสตร์ทางทะเลในภาคตะวันออกของประเทศไทย ที่มีบทบาทสำคัญในการจัดการศึกษาค้นคว้าโดยเน้นการวิจัยทางด้านวิทยาศาสตร์ทางทะเล ตลอดจนสร้างความเป็นเลิศทางด้าน วิจัยให้เป็นที่ยอมรับในระดับประเทศ และระดับนานาชาติ มีแนวทางพัฒนาสถาบันฯ ที่สอดคล้องกับนโยบายของมหาวิทยาลัย โดยเน้นความเป็นสากล การพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี รวมทั้งการบริการวิชาการแก่ชุมชน ให้สอดคล้องกับความต้องการของ ท้องถิ่นและยังประโยชน์ที่จะเกิดขึ้นในอนาคต จะดำรงความเป็นผู้นำของการค้นคว้าวิจัยโดยสร้างความพร้อมในด้านการบริหารจัดการ ตลอดจนการผลิตผลงานวิจัยอันจะเป็นประโยชน์ต่อสังคม และประเทศชาติสืบไป