เมื่อสมเด็จพระเจ้าอู่ทองทรงสถาปนากรุงศรีอยุธยา ได้ทรงนำพระพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทแบบลังกาวงศ์ มาจากกรุงสุโขทัย ซึ่งเป็นที่ยอมรับนับถือ และใช้สืบเนื่องกันมาตลอด
            การนับถือพระพุทธศาสนาในอาณาจักรอยุธยา เน้นหนักในเรื่องการบุญ การกุศล การสร้างวัดวาอาราม ปูชนียสถาน ปูชนียวัตถุ และพิธีการในการเฉลิมฉลอง งานที่เกี่ยวเนื่องด้วยพระพุทธศาสนาต่าง ๆ เช่น งานไหว้พระธาตุ งานนมัสการพระพุทธบาท
            การบำเพ็ญจิตภาวนาเน้นหนักไปทางความขลังความศักดิ์สิทธิ์ อิทธิปาฏิหาริย์ ไสยศาสตร์ เวทย์มนต์ อาถรรพ์ เข้ามาปะปนซึ่งได้รับอิทธิพลจากศาสนาพราหมณ์
            เราอาจแบ่งความเป็นไปของพระพุทธศาสนาในสมัยอยุธยา ออกได้เป็นสี่ตอนด้วยกันโดยมุ่งถึงเหตุการณ์สำคัญที่เกิดขึ้นกับพระพุทธศาสนาในห้วงเวลาต่าง ๆ ตามลำดับ ดังนี้
            สมัยอยุธยตอนแรก  ระหว่างปี พ.ศ.๑๙๙๑ - ๒๐๓๑ สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงจัดการปกครองบ้านเมืองได้เรียบร้อยแล้ว ก็ทรงดำเนินการทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาเป็นการใหญ่ คล้ายกับทรงดำเนินตามพระเจ้าอโศกมหาราชแห่งอินเดีย และพระมหาธรรมราชาลิไทย แห่งกรุงสุโขทัย โดยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถได้ทรงสละราชสมบัติออกผนวชอยู่ ณ วัดจุฬามณีเป็นเวลาแปดเดือน และได้ทรงโปรดให้พระราชโอรส และพระราชนัดดา ผนวชเป็นสามเณรด้วย ต่อมาได้มีการประชุมกวีแต่งมหาชาติคำหลวง เมื่อปี พ.ศ.๒๐๒๕ และทรงกันพื้นที่ส่วนหนึ่งในพระบรมมหาราชวังสถาปนาเป็นวัด ชื่อวัด พระศรีสรรเพชญ์
            สมัยอยุธยาตอนที่สอง  ระหว่างปี พ.ศ.๒๐๓๔ - ๒๑๗๓ สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมทรงศึกษาพระปริยัติธรรมแตกฉานตั้งแต่ทรงผนวช ทรงมีพระราชศรัทธาเสด็จออกบอกหนังสือ แก่พระภิกษุสามเณร ที่พระที่นั่งจอมทองสามหลังอยู่เนือง ๆ พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างมณฑปสวมรอยพระพุทธบาทที่สระบุรี สร้างมณฑปสวมพระมงคลบพิตร ที่สมเด็จพระไชยราชาธิราชสร้างไว้ เมื่อปี พ.ศ.๒๐๘๑ และโปรดเกล้า ฯ ให้ชุมนุมราชบัณฑิตแต่งกาพย์มหาชาติขึ้น เมื่อปี พ.ศ.๒๑๗๐ และโปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระไตรปิฎกไว้จบบริบูรณ์
            สมัยอยุธยาตอนทีสองนี้ มีความนิยมสร้างวัดมากขึ้น ราษฎรทั่วไปสร้างวัดไว้ประจำตระกูลไว้เก็บอัฐิบรรพบุรุษ และวัดได้เป็นสถานศึกษากันมาก จนมีคำกล่าวว่า " เมื่อบ้านเมืองดี เขาสร้างวัดให้ลูกเล่น"
            สมัยอยุธยาตอนที่สาม ระหว่างปี พ.ศ.๒๑๗๓ - ๒๒๗๓ ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ประเพณีการบวชเรียนได้รับความนิยมมาก ผู้ที่บวชจะได้รับพระราชทานพระบรมราชูปถัมภ์อย่างดี ทำให้ผู้คนหลบเลี่ยงราชการบ้านเมืองไปบวชกันมาก สมเด็จพระนารายณ์มหาราชถึงกับรับสั่งให้ออกหลวงสรศักดิ์ เป็นแม่กองประชุมสงฆ์ สอบความรู้ภิกษุสามเณร ผู้ที่หลบหนีมาบวชถ้าสอบได้ความว่าไม่มีความรู้ในพระพุทธศาสนา ก็จะถูกบังคับให้ลาสิกขา ปรากฏว่ามีผู้ถูกบังคับให้ลาสิกขาเป็นจำนวนมาก เมื่อพระองค์ทรงประชวรใกล้สวรรคต พระเพทราชา และขุนหลวงสรศักดิ์ ยกกำลังเข้าล้อมวังจะยึดอำนาจ พระองค์ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ข้าราชการฝ่ายในบวช และได้ถวายพระราชวังเป็นวิสุงคามสีมา และทำพิธีอุปสมบทคนเหล่านั้นแล้วนำไปอยู่วัดเป็นอันพ้นภัย
            ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช มีการติดต่อค้าขายกับชาวยุโรปมาก และชาวยุโรปก็ได้นำคริสติศาสนาเข้ามาเผยแพร่ด้วย พระเจ้าหลุยส์ที่ ๔ แห่งฝรั่งเศสคิดว่าสมเด็จพระนารายณ์มหาราชจะสนใจในคริสตศาสนา จึงได้ส่งฑูตมาเจริญสัมพันธไมตรีและขอให้สมเด็จพระนารายณ์มหาราชเข้ารีตในคริสตศาสนาด้วย แต่พระองค์ได้ตรัสตอบไปมีใจความว่า "ถ้าหากพระผู้เป็นเจ้าพอพระทัยที่จะให้พระองค์เข้ารีตเมื่อใด ก็คงจะดลบันดาลให้เกิดศรัทธาขึ้นในพระทัยของพระองค์เมื่อนั้น "
เหตุการณ์นี้แสดงให้เห็นถึงความมั่นคงในพระพุทธศาสนาของ สมเด็จพระนารายณ์มหาราช และเป็นตัวอย่างที่ล้ำเลิศของพุทธศาสนิกชนชาวไทยทั้งมวล ตลอดชั่วกาลนาน
            ในรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ได้มีวรรณคดีที่เนื่องด้วยพระพุทธศาสนาตกทอดมาถึงปัจจุบัน เป็นจำนวนมาก
            สมัยอยุธยาตอนที่สี่  ระหว่างปี พ.ศ.๒๒๗๕ - ๒๓๑๐ ในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ การบวชเรียนกลายเป็นประเพณีว่า ผู้ที่จะเป็นขุนนาง มียศถาบรรดาศักดิ์ จะต้องเป็นผู้บวชแล้ว จึงจะทรงแต่งตั้งในรัชสมัยของพระองค์ มีวรรณคดีสำคัญทางพระพุทธศาสนา เช่นนันโปปนันทสูตรคำหลวง พระมาลัยคำหลวง และปุณโณวาทคำฉันท์ เป็นต้น
            ในห้วงระยะเวลาเดียวกันนี้ พระพุทธศาสนาในลังกาได้เสื่อมถอยลง พระเจ้าถีรติสิริราชสิงหะ กษัตริย์ลังกาได้ส่งฑูตมาขอพระสงฆ์ไทย ไปทำการอุปสมบทให้ชาวลังกา พระอุบาลี และพระอริยมุนี พร้อมด้วยภิกษุสงฆ์จำนวน ๑๕ รูป ได้เดินทางไปบรรพชาอุปสมบทให้กุลบุตรชาวลังกา ทำให้เกิดนิกายสยามวงศ์ หรืออุบาลีวงศ์ หรือสยามนิกาย ซึ่งเป็นนิกายที่ใหญ่ที่สุดในลังกา
พระพุทธศาสนสถาน