ในปี พ.ศ.๒๔๐๓ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จประพาสเมืองสมุทรปราการเห็นว่าพระสมุทรเจดีย์ต่ำเตี้ยเกินไป จึงได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระสมุทรเจดีย์ใหม่ โดยให้ถ่ายแบบเจดีย์ลอมฟางมาจากกรุงศรีอยุธยา มาสวมกับพระเจดีย์องค์เดิม จนมีความสูงเพิ่มเป็น ๑๙ วา ๒ ศอกคืบ การสร้างครั้งนี้ มีกองทหารปืนใหญ่ให้การสนับสนุนกำลังคน พร้อมกันนั้นได้โปรดเกล้า ฯ ให้สร้างพระวิหารใหญ่หันหน้าออกทะเล สร้างพระเกี้ยวสี่องค์ พระแท่นสำหรับวางเครื่องบูชา หอระฆังและหอเทียนอย่างละหนึ่งคู่ สิ้นพระราชทรัพย์ ๕๘๘ ชั่ง
            ในปีต่อมาคือปี พ.ศ.๒๔๐๔ พระองค์ได้เสด็จมาทรงยกยอดพระสนมุทรเจดีย์
            ในปี พ.ศ.๒๔๑๖ พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้า ฯ ให้ซ่อมแซมพระวิหาร ศาลารายสี่ทิศ และสร้างศาลาโถงห้าห้องขึ้นแทน วิหารน้อยสองหลัง กับศาลาที่พักทางเหนือซึ่งชำรุดมาก พร้อมกันนี้ได้สร้างฐานโพธิ์ ปลูกต้นโพธิ์ด้านหลัง

            พระสมุทรเจดีย์เป็นเจดีย์ทรงกลม ฐานล่างย่อมุมไม้สิบสอง ต้นแบบเป็นอย่างสุโขทัย เพิ่มเติมอย่างรัตนโกสินทร์ รอบนอกเป็นกำแพงแก้ว มีช่องทางเดินสำหรับทำทักษิณาวัตร ฐานล่างเจาะเป็นซุ้มช่อง ๔๐ ช่อง แต่ละช่องมีช้างเผือกยืนหันหน้าออก บันไดทางขึ้นชั้นสอง และชั้นสามอยู่ด้านข้างทางตะวันตก และตะวันออก ส่วนมุมทั้งสี่เป็นเจดีย์รูปพระเกี้ยว ชั้นนี้มีทางเดินรอบองค์พระเจดีย์ ที่ฐานพระเจดีย์ชั้นนี้มีซุ้ม........... ขึ้นไปเป็นฐานล่างของพระเจดีย์ทรงกลม ตั้งแต่ฐานบัวคว่ำบัวหงายขึ้นไปถึงองค์ระฆัง เสาหาน ปล้องไฉน ส่วนยอดสุดตรงหยาดน้ำค้าง สร้างได้สัดส่วนสวยงาม ทาด้วยสีน้ำปูน
            พระสมุทรเจดีย์ตั้งอยู่ในตำบลบางปลากด อำเภอพระสมุทรเจดีย์ ตรงข้ามคนละฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยากับศาลากลางจังหวัด ชาวบ้านเรียกว่า พระเจดีย์กลางน้ำ เนื่องจากเดิมมีสภาพเป็นเกาะ

                วัดกลางวรวิหาร  เป็นพระอารามหลวงชั้นโท ชนิดวรวิหาร ตั้งอยู่ในตำบลปากน้ำ อำเภอเมืองฯ ไม่ทราบแน่ชัดว่าสร้างขึ้นเมื่อใด สันนิษฐานว่า สร้างในรัชสมัยพระเจ้าบรมโกศในสมัยอยุธยา เดิมชื่อวัดตะโกทอง ต่อมาภายหลังได้เรียกชื่อว่า วัดกลาง เพราะตั้งอยู่ระหว่างวัดนอก (วัดพิชัยสงคราม) กับวัดใน (วัดในเดิมสองวิหาร)
                ในปี พ.ศ.๒๓๑๐ พม่ายึดกรุงศรีอยุธยาได้ ชาวเมืองปากน้ำถูกทหารพม่าเข้ามากวาดต้อน วัดนี้จึงถูกทิ้งร้างไป เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ขับไล่พม่าไปแล้ว วัดกลางก็ได้รับการบูรณะคืนสู่สภาพเดิม
                ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้า ฯ พระองค์ได้เสด็จ ฯ เมืองปากน้ำอยู่เนือง ๆ และได้โปรดเกล้า ฯ ให้มีการปฏิสังขรณ์พระอารามทั้งหมด
                วัดกลางวรวิหารได้รับการยกฐานะเป็นพระอารามหลวง เมื่อปี พ.ศ.๒๔๕๙