ถัดขึ้นไปเป็นส่วนยอดซึ่งซ่อมแปลงครั้งใหญ่ในรัชสมัยสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยขยายส่วนยอดให้สูงขึ้นเริ่มตั้งแต่บัวปากระฆัง ซึ่งเป็นดอกบัวบานขนาดใหญ่ องค์ระฆังเป็นรูปแปดเหลี่ยม ถัดขึ้นไปเป็นบัลลังก์ต่อด้วยฉัตรแปดเหลี่ยม ๕ ชั้น บัวกลุ่ม และปลียอดหุ้มทองคำ เหนือปลียอดประดับฉัตรหุ้มทองคำหนัก ๘๒ บาท ๓ สลึง ต่อมาถูกขโมยลักไป ทางวัดจึงจัดทำขึ้นใหม่ด้วยทองวิทยาศาสตร์
            พระบรมธาตุไชยา เป็นสถาปัตยกรรมดีเด่นของจังหวัดสุราษฎรธานี เป็นสิ่งสำคัญคู่บ้านคู่เมือง แสดงให้เห็นถึงความเจริญรุ่งเรืองของพระพุทธศาสนา แต่อดีตกว่าพันปีมาแล้ว
            เจดีย์ทิศ  ตั้งอยู่รอบองค์พระบรมธาตุที่มุมทั้งสี่ทิศ เจดีย์ทิศตะวันออกเฉียงเหนือ มีลักษณะเป็นเจดีย์ฐานสี่เหลี่ยม ชั้นล่างเป็นฐานบัวลูกแก้วทรงสูง ก่ออิฐฉาบปูนต่ำรองรับฐานบัวแก้วอีกชั้นหนึ่ง ซึ่งรองรับองค์ระฆังทรงกลม ส่วนยอดเป็นบัลลังก์ ปล้องไฉนและปลียอด เจดีย์ทิศองค์นี้แตกต่างจากเจดีย์ทิศที่มุมอีกสามด้าน ซึ่งเป็นเจดีย์ทรงกลมแบบลังกา ตั้งอยู่บนฐานเขียงกลม รองรับมาลัยลูกแก้วแปดแถว องค์ระฆังทรงกลมอยู่บนบัวปากระฆัง ส่วนยอดไม่บัลลังก์ แต่เป็นก้านฉัตรต่อด้วยปล้องไฉน และปลียอดภายในเจดีย์กลาง ด้านหน้าเป็นซุ้มประดิษฐานกพระพุทธรูป
            เจดีย์ทั้งสามองค์นี้น่าจะสร้างขึ้นในสมัยรัตนโกสินทร์ หลังกว่าเจดีย์องค์ที่อยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ส่วนเจดีย์ด้านทิศตะวันตกด้านหลังองค์พระบรมธาตุ เป็นเจดีย์ทรงมณฑปสร้างขึ้นในสมัยรัตนโกสินทร์
            พระอุโบสถ  ตั้งอยู่ทางด้านทิศตะวันตกขององค์พระบรมธาตุ สร้างขึ้นใหม่ เมื่อปี พ.ศ.๒๔๙๘  แทนพระอุโบสถเก่าซึ่งชำรุดและรื้อออกไป พระประธานในพระอุโบสถเป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย ทำด้วยศิลาทรายเผา ศิลปะสมัยอยุธยา เบื้องหน้าพระประธานประดิษฐานพัทธสีมาคู่ ซึ่งเป็นของเดิมแต่ครั้งพระอุโบสถหลังเก่า การผูกพัทธสีมาคู่นี้สันนิษฐานว่า แต่เดิมคงมีใบพัทธสีมาใบเดียวเรียงรายรอบพระอุโบสถ จนกระทั่งเมื่อพระพุทธศานาฝ่ายเถรวาทแบบลังกาวงศ์ ได้แผ่เข้ามาในประเทศไทย เมื่อประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๘ ซึ่งเป็นสมัยเดียวกันกับที่ได้สร้างพระบรมธาตุทรงลังกา ที่นครศรีธรรมราช พระสงฆ์ในฝ่ายเถรวาทแบบลังกาวงศ์ จึงได้ทำพิธีผูกพัทธสมาซ้ำลงในที่เดิมอีกครั้ง เพื่อให้พระพุทธศานาบริสุทธิ มั่นคงสมบูรณ์ยิ่งขึ้น จึงมีใบเสมาเพิ่มขึ้นเป็นคู่แฝด
            พระวิหารหลวง  ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของพระบรมธาตุ ด้านหลังของพระวิหารหลวงได้สร้างยื่นล้ำเข้ามาในเขตพระวิหารคด ภายในประดิษฐานพระพุทธรูปขนาดต่าง ๆ หลายองค์ศิลปะอยุธยาสกุลช่างไชยา พื้นวิหารเดิมต่ำกว่าพื้นปัจจุบันมาก สังเกตจากฐานชุกชี ที่ประดิษฐานพระพุทธรูปอยู่ในระดับต่ำ และทำเป็นฐานรูปบัวแก้วคล้ายกับฐานของพระบรมธาตุ ที่ผนังด้านนอกวิหารมีพรุพุทธรูปปางประทานอภัยทำด้วยศิลาทรายแดง ศิลปะสกุลช่างไชยามีอายุอยู่ประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๘-๑๙ อยู่องค์หนึ่ง ปัจจุบันอยู่ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติไชยา ส่วนที่เดิมสร้างองค์พระจำลองปกูนปั้นแทน
            พระวิหารหลวงได้รับการบูรณะครั้งใหญ่ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว
            ระเบียงคดวิหารคดหรือพระระเบียง   เป็นระเบียงล้อมรอบองค์พระบรมธาตุ อยู่ในผังรูปสี่เหลี่ยมจตุรัส กว้างด้านละ ๓๘ เมตร สูง ๔ เมตร ภายในประดิษฐานพระพุทธรูปปางต่าง ๆ รวม ๑๘๐ องค์ ชาวบ้านเรียกว่า พระเวียน  ส่วนใหญ่ได้รับการปฎิสังขรณ์ใหม่ ส่วนพระพุทธรูปศิลาทรายแดง ศิลปะอยุธยา สกุลช่างไชยายังอยู่ในสภาพเดิม
            นอกจากนี้ในบริเวณวัดกพระบรมธาตุไชยา ยังได้พบโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ ศิลปะสมัยศรีวิชัยอยู่หลานชิ้นได้แก่ พระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวรสำริดและศิลา